小儿川崎病病因未完全明确，与多种因素相关，包括感染因素（病毒、细菌感染可能触发免疫反应）、免疫因素（免疫异常、自身抗体参与）、遗传因素（有遗传易感性，HLA基因多态性相关）及其他因素（环境、年龄性别因素有影响但机制待明）。
1.感染因素：
病毒感染：多种病毒被怀疑与川崎病发病有关，如逆转录病毒、EB病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、微小病毒B19等。研究发现部分川崎病患儿发病前有病毒感染病史，病毒感染后可能引发机体免疫反应异常。例如，有研究显示在川崎病患儿急性期血清中可检测到某些病毒相关抗体水平升高，提示病毒感染可能是触发川崎病免疫反应的诱因之一，但具体机制尚需进一步深入研究。
细菌感染：链球菌、葡萄球菌等细菌感染也被认为可能与川崎病有关。有学者发现川崎病患儿咽部或其他部位存在细菌感染的情况相对较多，细菌感染后可能通过分子模拟等机制诱发机体的异常免疫应答，导致血管炎症等一系列病理改变。不过，细菌感染在川崎病病因中的确切作用仍需更多研究来证实。
2.免疫因素：
川崎病是一种全身性血管炎，涉及复杂的免疫异常。患儿体内Th1、Th2及Th17等细胞亚群失衡，细胞因子网络紊乱。例如，白细胞介素-1（IL-1）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）等炎性细胞因子显著升高，这些细胞因子参与了血管内皮的损伤和炎症反应的介导。异常的免疫反应导致血管内皮细胞激活、黏附分子表达增加，进而引发血管壁的炎症、血栓形成等病理过程，最终导致冠状动脉等血管的病变。
自身抗体在川崎病发病中也可能发挥一定作用。有研究检测到川崎病患儿存在抗血管内皮细胞抗体等自身抗体，这些自身抗体可能攻击血管内皮细胞，促进血管炎症的发展。
3.遗传因素：
川崎病具有一定的遗传易感性。研究发现某些人类白细胞抗原（HLA）基因多态性与川崎病的发病风险相关。例如，HLA-B51等位基因在川崎病患儿中的携带率明显高于正常人群，提示遗传因素可能通过影响个体的免疫遗传背景，使某些个体更容易发生川崎病的免疫异常反应，从而增加发病风险。不同种族之间川崎病的发病率存在差异，也从侧面反映了遗传因素在川崎病病因中的重要性，但具体的遗传机制仍有待进一步阐明，可能涉及多个基因的协同作用以及基因与环境因素的相互作用。
4.其他因素：
环境因素：生活环境中的一些因素可能对川崎病的发病有影响。例如，居住地区的卫生条件、气候变化等可能与川崎病的发病存在一定关联。但目前关于环境因素与川崎病病因的具体联系还不十分明确，需要更多大规模的流行病学研究来进一步探索环境因素在川崎病发病中的作用及作用机制。
年龄和性别因素：川崎病主要发生在婴幼儿及儿童时期，5岁以下儿童发病率较高。在性别方面，男孩发病略多于女孩。这可能与儿童时期免疫系统发育尚未完善，以及不同性别在免疫遗传等方面存在一定差异有关。例如，婴幼儿免疫系统相对不成熟，对外界病原体等刺激的免疫反应更容易出现异常，从而增加了川崎病的发病风险；而性别差异可能通过影响免疫调节等机制对川崎病的易感性产生影响，但具体机制尚不清楚。
