疟疾有不同潜伏期，典型发作有寒战期、高热期、大汗期，具周期性发作特点，还伴有贫血、肝脾肿大等症状，不同人群在各症状表现上有差异。
间日疟及卵形疟潜伏期一般为13-15天，恶性疟潜伏期约9-12天，三日疟潜伏期为24-30天。不同类型疟原虫引起的疟疾潜伏期有所差异，这与疟原虫在人体内的发育繁殖过程相关，疟原虫需要一定时间完成在肝细胞内的裂体增殖等阶段后才会侵入红细胞引起临床症状。
典型发作症状
寒战期：多突然发病，患者先是感觉寒冷，继而寒战，皮肤起鸡皮疙瘩，面色苍白，口唇、指甲发绀，寒战持续约10分钟至2小时。此阶段是由于疟原虫代谢产物等刺激机体，导致体温调节中枢功能紊乱，引起血管收缩、骨骼肌收缩产热所致，不同年龄人群可能寒战程度有所不同，儿童可能寒战表现相对更剧烈，这与儿童体温调节系统发育不完善及机体对刺激的反应更敏感有关。
高热期：寒战之后体温迅速上升，可达39-40℃或更高，患者面色潮红，皮肤灼热，头痛、全身酸痛、口渴等症状明显。这是因为疟原虫在红细胞内大量繁殖，裂殖子胀破红细胞，释放出大量裂殖子、疟原虫代谢产物等进入血液，引起发热反应。不同性别在高热期的主观感受可能有一定差异，但总体表现相似，一般都以体温升高及全身不适为主要表现。生活方式方面，若患者在高热期活动量较大，可能会加重全身酸痛等不适症状。
大汗期：高热之后，患者开始大量出汗，体温骤降，可降至正常或正常以下水平。此时患者感觉大汗淋漓，乏力明显。这是由于血液中疟原虫代谢产物被迅速清除，体温调节中枢恢复正常，血管扩张、汗腺分泌增加导致散热增加。不同病史的患者，如既往有疟疾发作史的患者，大汗期可能相对更适应，但总体还是以体温快速下降和大量出汗为特征。
周期性发作
间日疟和卵形疟多为隔日发作一次，三日疟为隔两日发作一次，恶性疟发热间隔不太规则，可每日或间隔1-2天发作。这种周期性发作与疟原虫在红细胞内的裂体增殖周期相关，疟原虫在红细胞内经过裂殖体增殖、裂殖子释放等过程需要一定时间，当达到一定数量后就会引起一次发作，所以呈现出一定的发作周期。年龄较小的儿童可能发作周期不太规律，因为其机体免疫等功能尚不完善，对疟原虫的反应可能更不规律；女性在月经周期等生理因素影响下，可能对疟疾发作周期的感受和表现与男性有一定差异，但主要还是基于疟原虫本身的生物学特性导致发作周期特点。
其他伴随症状
贫血：疟疾发作数次后可出现贫血症状，患者面色苍白，活动后心悸、气短等。这是因为疟原虫感染红细胞，导致红细胞破坏，同时机体免疫反应也会对正常红细胞产生一定影响，骨髓造血功能可能受到一定抑制等。儿童由于正处于生长发育阶段，贫血可能对其生长发育产生更明显的影响，如影响身高、智力发育等；女性在生理期等情况下，贫血可能会加重乏力、头晕等不适。
肝脾肿大：病程较长的患者多有肝脾肿大，初期可触及，质地软，后期可质地变硬。这是由于疟原虫及其代谢产物刺激机体，引起单核-巨噬细胞系统增生所致。不同年龄人群肝脾肿大的表现可能有所不同，儿童的肝脾相对更娇嫩，肿大可能会对周围组织产生一定压迫等影响；有基础肝脏或脾脏疾病的患者，疟疾引起的肝脾肿大可能会加重原有病情。
