需与急性胃肠炎鉴别的疾病包括细菌性痢疾、霍乱、溃疡性结肠炎、急性阑尾炎、食物中毒等，不同疾病在临床表现（如症状特点、发病急缓等）和实验室检查（如粪便常规、血常规等）等方面存在差异，可据此进行鉴别。如细菌性痢疾有黏液脓血便、高热等，粪便有大量白细胞等；霍乱起病急骤、腹泻量大呈米泔水样便等；溃疡性结肠炎多为慢性病程、有特殊结肠镜表现等；急性阑尾炎有转移性右下腹痛等；食物中毒有共同饮食史、多人短时间相继发病等。
一、与细菌性痢疾鉴别
1.临床表现方面
急性胃肠炎：多由饮食不当、病毒感染等引起，主要症状为腹泻、腹痛、恶心、呕吐等，腹泻次数相对可能没有细菌性痢疾那么频繁，但也可达到每日数次至十余次不等，大便多为稀水样便。年龄较小的儿童可能因频繁腹泻出现脱水等情况，一般全身中毒症状相对较轻。例如，常见的诺如病毒引起的急性胃肠炎，呕吐症状可能较为突出，腹泻大便性状以稀水便为主。
细菌性痢疾：由痢疾杆菌感染所致，典型表现为黏液脓血便，同时伴有发热、腹痛、里急后重（即有排便不尽感）等症状，发热多为高热，全身中毒症状相对较明显。不同年龄人群感染后表现可能有差异，儿童感染后症状有时可能不如成人典型，但仍会有较为明显的肠道刺激症状。
2.实验室检查方面
粪便常规：
急性胃肠炎：粪便常规可见白细胞轻度增多或正常，一般无红细胞或仅有少量红细胞，病原体检测可能发现病毒等病原体。例如轮状病毒引起的急性胃肠炎，粪便中可检测出轮状病毒抗原。
细菌性痢疾：粪便常规可见大量白细胞、红细胞，还可见巨噬细胞，粪便培养可分离出痢疾杆菌。
血常规：
急性胃肠炎：病毒感染引起的急性胃肠炎，血常规中白细胞多正常或轻度降低，淋巴细胞比例可能相对增高；细菌感染引起的急性胃肠炎，白细胞可轻度升高，中性粒细胞比例可能有一定变化。
细菌性痢疾：血常规中白细胞及中性粒细胞多明显升高。
二、与霍乱鉴别
1.临床表现方面
急性胃肠炎：发病相对没有霍乱那么急骤，腹泻量一般不如霍乱大，多为散发或小范围聚集发病。症状主要围绕胃肠道，呕吐、腹泻程度相对较轻。
霍乱：由霍乱弧菌感染引起，起病急骤，多为剧烈腹泻，每天腹泻次数可达数十次，大便为米泔水样便，可伴有剧烈呕吐，容易导致严重脱水、电解质紊乱，甚至休克等，全身症状较重，如迅速出现口渴、眼窝凹陷、皮肤弹性差等脱水表现。不同年龄人群感染霍乱后，儿童可能因脱水等情况出现精神萎靡等表现，且病情变化可能较快。
2.实验室检查方面
粪便检查：
急性胃肠炎：病原体检测根据病因不同有相应发现，如前面所述病毒或一般细菌等。
霍乱：粪便涂片染色可发现革兰阴性弧菌，粪便培养可分离出霍乱弧菌，血清学检查等也有相应特异性表现。
补液相关检查：霍乱患者由于大量体液丢失，会出现电解质紊乱，如血钠、血钾等明显异常，而急性胃肠炎患者一般电解质紊乱程度相对较轻。
三、与溃疡性结肠炎鉴别
1.临床表现方面
急性胃肠炎：病程多呈自限性，一般在去除诱因后短时间内可缓解，腹痛多为阵发性，腹泻停止后腹痛等症状多能缓解。
溃疡性结肠炎：多为慢性病程，反复发作，除腹泻、腹痛外，还可有黏液脓血便，病情严重时可伴有发热、消瘦等全身症状，腹痛多为慢性、反复发作的左下腹或下腹隐痛，可伴有里急后重，且病程较长，与急性胃肠炎的自限性病程不同。不同年龄人群中，儿童溃疡性结肠炎相对少见，但一旦发病，症状可能也具有上述特点，且可能影响儿童的生长发育等。
2.结肠镜检查方面
急性胃肠炎：结肠镜下可见肠黏膜充血、水肿，一般无溃疡形成，病变多为弥漫性但程度相对较轻，去除病因后多可恢复正常。
溃疡性结肠炎：结肠镜下可见黏膜血管纹理模糊、紊乱或消失、充血、水肿、易脆、出血及脓性分泌物附着，病变多从直肠开始，呈连续性、弥漫性分布，表现为多发性浅溃疡，黏膜粗糙呈细颗粒状，病情严重时可见假息肉等改变。
四、与急性阑尾炎鉴别
1.临床表现方面
急性胃肠炎：腹痛多先从脐周开始，然后逐渐转移的情况不典型，主要以胃肠道症状为主，如恶心、呕吐、腹泻等，腹痛一般不如急性阑尾炎剧烈，且腹部压痛部位不固定，多在脐周附近。
急性阑尾炎：典型表现为转移性右下腹痛，开始为上腹部或脐周疼痛，数小时后转移并固定于右下腹，腹痛较为剧烈，可伴有发热、恶心、呕吐等症状，腹部压痛位于右下腹麦氏点固定位置。不同年龄儿童急性阑尾炎表现可能有差异，儿童尤其是婴幼儿急性阑尾炎症状不典型，更容易延误诊断。
2.体格检查方面
急性胃肠炎：腹部压痛不固定，无明显肌紧张和反跳痛。
急性阑尾炎：右下腹麦氏点有固定压痛，病情进展后可出现肌紧张、反跳痛等腹膜刺激征表现。
五、与食物中毒鉴别
1.临床表现方面
急性胃肠炎：有明确饮食不当史，但一般是相对较广泛的饮食因素导致多人发病的情况相对不如食物中毒集中，中毒症状相对相对较分散，主要是胃肠道症状。
食物中毒：有共同饮食史，多人在短时间内相继发病，症状相似，中毒症状除胃肠道症状外，根据中毒原因不同还有不同表现，如毒蕈中毒可能有神经系统症状等，化学性食物中毒可能有特殊的全身症状等。不同年龄人群食用相同有毒食物后，儿童由于身体机能发育不完善，可能更容易出现严重中毒反应，如快速出现脱水、电解质紊乱等情况。
2.实验室检查方面
急性胃肠炎：根据病因不同有相应实验室检查发现，前面已提及。
食物中毒：可进行剩余食物、呕吐物等的毒物检测，能明确具体中毒物质，而急性胃肠炎一般无此类特异性毒物检测结果。
