急性肾盂肾炎致病菌以革兰阴性杆菌为主，最常见大肠埃希菌占80%-90%，其次变形杆菌约9%、肺炎克雷伯菌3%-8%、铜绿假单胞菌1%-5%；女性因尿道特点易发病，长期憋尿等不良生活方式、糖尿病、尿路结石等会增加患病风险。
其次，变形杆菌也是常见的致病菌之一，约占9%左右。变形杆菌可存在于肠道内并能移动，可引起泌尿系统的感染，且其感染后容易形成结石，增加治疗的复杂性。
另外，肺炎克雷伯菌也可导致急性肾盂肾炎，约占3%-8%。肺炎克雷伯菌在糖尿病患者、长期住院或有尿路器械检查史的患者中较为常见，这类患者由于自身免疫力相对较低或尿路环境改变，容易受到肺炎克雷伯菌的侵袭。
还有铜绿假单胞菌，约占1%-5%，多见于有尿路器械检查、长期留置导尿管或免疫力极度低下的患者，如严重烧伤患者、艾滋病晚期患者等，铜绿假单胞菌感染往往病情相对较重，治疗也较为棘手。
对于女性而言，由于其尿道短而宽，且距离肛门较近，更容易发生大肠埃希菌等致病菌的上行感染，因此女性患急性肾盂肾炎的几率相对高于男性。在生活方式方面，长期憋尿、不注意个人卫生等不良生活方式会增加泌尿系统感染的风险，从而使致病菌更易引发急性肾盂肾炎。对于有糖尿病病史的患者，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，使得致病菌更容易在泌尿系统内定植并引发急性肾盂肾炎，这类患者需要更加严格地控制血糖，同时注意泌尿系统的卫生防护。而对于有尿路结石病史的患者，结石会阻碍尿液的正常流动，导致尿液潴留，为致病菌的滋生提供了良好的环境，容易引发急性肾盂肾炎，这类患者需要积极治疗尿路结石，预防感染的发生。
