慢性肾小管间质性肾炎药物治疗需综合病因病情，自身免疫性因素相关的用糖皮质激素如泼尼松，病情需抑制免疫反应时用免疫抑制剂如环磷酰胺，药物、感染等因素引起的针对相应病因处理，特殊人群儿童、妊娠期女性、老年患者用药各有谨慎要求。
糖皮质激素：如果是自身免疫性因素相关的慢性肾小管间质性肾炎，可能会使用糖皮质激素，如泼尼松等。有研究表明，对于部分自身免疫介导的病例，糖皮质激素可以调节免疫反应，改善病情，但使用时需严格掌握适应证和注意其可能的不良反应，比如长期使用可能导致感染风险增加、骨质疏松等，不同年龄、性别患者使用时需权衡利弊，儿童使用需尤其谨慎，要密切关注生长发育等情况。
免疫抑制剂：当病情需要进一步抑制免疫反应时，可能会用到免疫抑制剂，如环磷酰胺等。免疫抑制剂在抑制过度免疫反应方面有一定作用，但也存在骨髓抑制等不良反应风险，在应用时要监测血常规等指标，对于有特殊病史的患者，如曾有血液系统疾病病史等，使用需更加慎重。
针对病因的药物：如果是药物、感染等因素引起的慢性肾小管间质性肾炎，需针对相应病因进行处理，比如停用可疑肾毒性药物等，若有感染因素则可能根据感染病原体等情况使用相应抗感染药物，但抗感染药物的使用也需遵循合理用药原则，考虑患者年龄、肝肾功能等因素。例如对于由药物引起的情况，及时停用相关肾毒性药物是关键的第一步，之后根据病情进展决定是否需要配合其他药物治疗。
特殊人群方面，儿童患者使用药物需格外谨慎，应尽量选择对儿童生长发育影响较小的药物，且密切监测各项指标；妊娠期女性使用药物要充分评估药物对胎儿的影响，优先选择对胎儿影响小的治疗方案；老年患者往往伴有多种基础疾病，药物相互作用风险较高，使用药物时需更加关注药物间的相互作用以及对肝肾功能等的影响，严格掌握药物的适应证和剂量范围等。
