脑垂体囊肿形成机制未完全明确，可能与胚胎发育异常（胚胎时期垂体Rathke囊残余组织异常演变，有家族史者遗传易感性可能增加）、腺垂体细胞退变（中老年细胞退变概率高，不良生活方式可能影响，性别无显著差异）、炎症反应相关（局部炎症致组织渗出水肿形成囊性结构，有颅内感染史等人群风险高，生活方式影响炎症发生概率，性别无主导性差异）相关
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，垂体Rathke囊的残余组织可能发生异常演变。Rathke囊是胚胎时期原始口腔顶部向上突出的结构，正常情况下会逐渐退化消失，如果其中部分组织残留并发生囊性变，就有可能形成脑垂体囊肿。这种胚胎发育异常的情况在不同年龄段的人群中都可能存在，性别差异方面并无明显倾向性，生活方式因素一般与胚胎发育异常导致的脑垂体囊肿无关，但有相关家族史的人群可能存在一定的遗传易感性风险，即家族中若有此类胚胎发育异常相关疾病的遗传背景，后代发生脑垂体囊肿的概率可能相对增加。
腺垂体细胞退变：垂体腺体内的细胞随着年龄增长或其他因素影响可能出现退变情况。例如，一些细胞的分泌功能紊乱、代谢异常等，可能导致局部组织液积聚，逐渐形成囊肿。对于中老年人群，身体各器官功能逐渐衰退，腺垂体细胞退变的概率相对较高，发生脑垂体囊肿的风险可能有所增加；而在生活方式方面，长期处于高压力状态、不健康饮食等可能会在一定程度上影响垂体细胞的正常代谢，增加细胞退变的可能性，但具体机制还需进一步科学研究证实；性别因素上，目前没有明确证据表明男女在腺垂体细胞退变导致脑垂体囊肿方面有显著差异，但不同性别可能因自身激素水平等差异在囊肿出现后的表现等方面存在不同。
炎症反应相关：局部的炎症反应可能参与脑垂体囊肿的形成。当垂体周围组织发生炎症时，会引起组织的渗出、水肿等病理改变，进而可能导致局部出现囊性结构。比如，垂体周围的脑膜炎症等可能波及垂体组织，引发炎症相关的病理过程，促使囊肿形成。对于有过颅内感染病史或存在其他炎症性疾病的人群，发生脑垂体囊肿的风险可能相对较高；在生活方式中，不注意个人卫生、频繁接触感染源等可能增加炎症发生的概率，从而间接影响脑垂体囊肿的形成；性别因素对炎症反应导致脑垂体囊肿的影响尚无明确的主导性差异体现。
