乳腺乳头状瘤具体发病原因未完全明确，可能与内分泌因素（体内激素水平失衡，如育龄期女性因激素波动大易受影响，男性也可发病）、导管上皮细胞异常增殖（平衡打破致无序增殖）、局部微环境改变（间质、血管等微环境变化提供适宜土壤）及其他因素（生活方式如精神压力大、不良饮食可能有影响，有家族史人群风险较高，遗传易感性待探索）有关
内分泌因素：乳腺是多种内分泌激素的靶器官，其中雌激素和孕激素对乳腺的生长发育和生理功能起着重要作用。体内激素水平的失衡可能是诱发乳腺乳头状瘤的因素之一。例如，长期雌激素水平相对过高，可能刺激乳腺导管上皮细胞过度增生，从而增加乳腺乳头状瘤的发生风险。在育龄期女性中，由于激素波动较大，相对更容易受到内分泌因素的影响，但这并非绝对，男性也可能发生乳腺乳头状瘤，只是相对少见。
导管上皮细胞异常增殖：乳腺导管上皮细胞的异常增殖是乳腺乳头状瘤发生的关键环节。正常情况下，导管上皮细胞的增殖和凋亡处于动态平衡状态，当这种平衡被打破，导管上皮细胞过度增殖时，就可能形成乳头状瘤样的病变。一些遗传因素或其他未知因素可能导致导管上皮细胞的增殖调控机制出现异常，进而引发细胞的无序增殖，最终形成乳腺乳头状瘤。例如，某些基因突变可能影响细胞的增殖信号通路，使得细胞增殖不受正常调控，增加发病几率。
局部微环境改变：乳腺局部的微环境改变也可能与乳腺乳头状瘤的发生有关。比如，乳腺组织的间质成分、血管分布等微环境因素的变化，可能为导管上皮细胞的异常增殖提供了适宜的土壤。局部微环境中的生长因子、细胞外基质等成分的改变，可能影响细胞的生长、分化和迁移，从而促进乳头状瘤的形成。例如，局部微环境中某些生长因子的异常分泌，可能刺激导管上皮细胞过度生长，导致乳头状瘤的出现。
其他因素：一些生活方式因素也可能对乳腺乳头状瘤的发生有一定影响。长期的精神压力过大可能通过影响内分泌系统进而影响乳腺组织；不良的饮食习惯，如长期高脂肪、高热量饮食，也可能与乳腺疾病的发生相关，但目前关于生活方式因素与乳腺乳头状瘤确切的关联机制还需要更多研究来明确。此外，有乳腺疾病家族史的人群，其发生乳腺乳头状瘤的风险可能相对较高，这提示遗传易感性在发病中可能起到一定作用，但具体的遗传模式和相关基因还在进一步探索中。
