慢性肾盂肾炎有全身表现、泌尿系统表现及慢性期表现，全身表现有发热、乏力、食欲不振；泌尿系统表现包括尿频尿急尿痛、腰痛、尿液异常（蛋白尿、血尿、白细胞尿）；慢性期可出现高血压、肾功能减退等。
1.全身表现：
发热：可表现为低热或中等度热，部分患者起病隐匿，全身症状可不典型，年龄较小的儿童可能体温波动不规律，可能与儿童体温调节中枢发育不完善有关，比如婴幼儿可能仅表现为精神萎靡、拒食等非特异表现。成人及年长儿童也可能出现寒战等表现，这是因为细菌感染后引发机体的免疫反应，导致体温调节中枢功能紊乱。
乏力：患者常感觉疲倦、四肢无力，这与炎症状态下机体代谢紊乱、能量消耗增加以及毒素吸收等因素有关，年龄较小的儿童可能会表现为活动减少等情况。
食欲不振：部分患者会出现食欲下降，这可能是由于发热、炎症影响胃肠道功能，导致消化酶分泌及胃肠蠕动异常，对于儿童来说，可能会影响其正常的生长发育，因为营养摄入不足。
2.泌尿系统表现：
尿频、尿急、尿痛：这是泌尿系统感染常见的刺激症状，由于肾盂肾炎时炎症刺激膀胱和尿道黏膜，导致其敏感性增高。儿童患者可能表述不清，年长儿童可能会明确诉说有尿频、尿急、尿痛的感觉，而婴幼儿可能表现为排尿时哭闹等。
腰痛：多为腰部隐痛或酸痛，疼痛程度不一，这是因为肾脏炎症累及肾包膜，刺激周围神经引起。儿童患者可能不能准确描述腰痛部位，可能表现为腰部活动时不适等。
尿液异常：
蛋白尿：一般为轻度蛋白尿，24小时尿蛋白定量多在1g以下，这是因为肾脏炎症导致肾小球滤过膜通透性轻度增加，蛋白质滤过增多。
血尿：可为镜下血尿，少数患者可见肉眼血尿，是由于炎症导致肾小球基底膜损伤，红细胞漏出。儿童患者血尿时家长可能发现尿液颜色异常，但需注意与其他原因引起的血尿鉴别。
白细胞尿：尿中可出现大量白细胞，甚至脓细胞，尿沉渣镜检可见白细胞增多，这是机体对细菌感染的免疫反应在尿液中的体现，儿童患者尿液中白细胞增多可能提示存在泌尿系统的感染性炎症。
3.慢性期表现：病情迁延不愈可进入慢性期，此时可能出现高血压，这与肾脏受损后肾素-血管紧张素-醛固酮系统激活有关；还可能出现肾功能减退，表现为肌酐清除率下降、血肌酐升高等，儿童患者若慢性肾盂肾炎影响肾功能，可能会影响其生长发育速度，导致身高、体重增长缓慢等情况。
