HPV疫苗分为4价和9价，二者在覆盖病毒亚型、适用年龄范围、预防疾病范围和接种程序上有差异，4价适用于9-45岁女性，覆盖6、11、16、18型，9价适用于16-26岁女性，额外覆盖31、33、45、52、58型，9价预防疾病范围更广，接种程序均为0、2、6月各一剂次，特殊人群接种需谨慎。
一、覆盖病毒亚型不同
1.4价HPV疫苗：主要覆盖6、11、16、18型病毒。其中6型和11型属于低危型，可引起生殖器疣；16型和18型属于高危型，与宫颈癌等恶性肿瘤的发生密切相关。
2.9价HPV疫苗：在4价疫苗覆盖的基础上，额外增加了31、33、45、52、58型病毒亚型。覆盖的病毒亚型更广泛，能预防更多种类的由HPV感染引起的疾病。
二、适用年龄范围有差异
1.4价HPV疫苗：适用于9~45岁的女性。
2.9价HPV疫苗：适用于16~26岁的女性。不同年龄范围的设定是基于大量的临床试验数据，以确保疫苗在相应年龄段人群中的免疫原性和安全性等达到较好的水平。对于超过26岁的女性，9价HPV疫苗可能不是最佳选择，但仍可根据自身情况选择4价HPV疫苗等其他合适的疫苗。
三、预防疾病范围有别
1.4价HPV疫苗：能预防由6、11、16、18型HPV感染引起的相关疾病，如由6型和11型引起的约90%的生殖器疣，由16型和18型引起的约70%的宫颈癌等。
2.9价HPV疫苗：由于覆盖了更多的高危型HPV亚型，能预防的疾病范围更广泛，除了能预防4价疫苗所涵盖的疾病外，还能预防由31、33、45、52、58型HPV感染引起的相关疾病，进一步降低了患宫颈癌等恶性肿瘤的风险以及由低危型HPV引起生殖器疣的风险，但即使接种了9价HPV疫苗，也不能完全杜绝所有HPV相关疾病的发生，仍需定期进行宫颈癌筛查等。
四、接种程序存在不同
1.4价HPV疫苗：接种程序为0、2、6月各接种一剂次，共接种3剂。
2.9价HPV疫苗：接种程序同样为0、2、6月各接种一剂次，共接种3剂。但需要注意的是，不同年龄阶段的人群在接种时，需按照各自适用的疫苗及对应的程序来进行。对于特殊人群，如孕妇，由于目前关于HPV疫苗对孕妇及胎儿的影响的研究数据有限，一般不建议孕妇接种HPV疫苗，待分娩后再根据情况考虑接种；对于有严重过敏史的人群，需要谨慎评估接种HPV疫苗的风险，在医生的指导下决定是否接种。
