大便有霉菌可能由多种因素引起，包括肠道正常菌群平衡被打破（如长期应用广谱抗生素）、免疫力因素（成人患慢性病、精神压力大等，儿童免疫系统不完善、营养不良等）、肠道菌群失调相关疾病（霉菌性肠炎、长期住院或使用免疫抑制剂者易出现）以及饮食因素、肠道手术或创伤影响等。
一、肠道正常菌群情况
正常情况下，人体肠道内有多种微生物维持着平衡状态，其中霉菌属于其中的一类条件致病菌。当肠道正常菌群平衡被打破时，就可能出现大便有霉菌的情况。例如长期应用广谱抗生素的人群，抗生素在抑制有害菌的同时，也会影响到有益菌的生长，使得霉菌等真菌有机会过度增殖。
二、免疫力因素
1.成人免疫力影响：对于成年人来说，当自身免疫力低下时，比如患有某些慢性疾病（如糖尿病、恶性肿瘤等），或者长期处于精神压力过大、过度劳累等状态下，机体对霉菌等病原体的抵御能力下降，肠道内的霉菌就可能大量繁殖，从而在大便中被检测到。
2.儿童免疫力影响：儿童的免疫系统尚不完善，相对更容易受到霉菌等病原体的侵袭。如果儿童存在营养不良、患有先天性免疫缺陷病等情况，肠道内霉菌容易异常增殖，导致大便有霉菌。比如营养不良的儿童，其身体的营养状况无法为免疫系统提供良好的支持，使得肠道对霉菌的防御功能减弱。
三、肠道菌群失调相关疾病
1.霉菌性肠炎：这是导致大便有霉菌比较常见的疾病。霉菌性肠炎是由霉菌感染肠道引起的炎症，患者除了大便中有霉菌外，还可能出现腹泻、腹痛、腹胀等症状。其发生往往与肠道局部的微生态环境改变密切相关，比如肠道黏膜屏障功能受损时，霉菌更容易定植和繁殖。
2.长期住院或长期使用免疫抑制剂患者情况：长期住院的患者，由于接触各类病原体的机会增多，且住院环境中可能存在霉菌污染等情况，再加上可能因病情需要使用一些削弱免疫力的治疗手段，如长期使用免疫抑制剂等，这类人群肠道内霉菌失调的风险更高，更易出现大便有霉菌的现象。
四、其他可能因素
1.饮食因素：长期食用过于油腻、高糖等不利于肠道微生态平衡的食物，可能影响肠道内正常菌群的生长，为霉菌的滋生创造条件。例如长期大量摄入高糖食物，会改变肠道的pH值等环境因素，有利于霉菌等真菌的生长繁殖。
2.肠道手术或创伤影响：肠道进行手术或者受到创伤后，肠道的正常结构和功能可能会受到影响，肠道内的微生态环境发生改变，使得霉菌等病原体有机会异常增多，进而导致大便中出现霉菌。比如肠道手术后，患者的肠道蠕动和消化功能需要一定时间恢复，在这个过程中肠道微生态容易失衡。
