内分泌失调相关疾病包括多囊卵巢综合征（育龄女性多发，生活方式不健康者风险高，雄激素高致排卵异常、月经稀发或闭经）、甲状腺功能异常（甲减可致月经周期延长、经量减少甚至闭经，约30%-40%甲减女性月经紊乱；甲亢可致月经周期缩短、经量减少甚至闭经，生活压力大等女性风险高）、生殖系统器质性病变（宫腔粘连多因宫腔操作术后损伤致内膜基底层受损、宫腔粘连，有宫腔操作史者尤其是多次操作风险高；卵巢功能性肿瘤分泌雌激素致内膜异常增生、月经紊乱甚至闭经，非功能性卵巢肿瘤大或影响卵巢功能也可致内分泌紊乱、月经不来）、全身性疾病（严重营养不良影响下丘脑-垂体-卵巢轴功能致月经紊乱，节食减肥过度、慢性消耗性疾病者易患；慢性肝病影响雌激素代谢致雌激素水平升高、月经不调甚至闭经，有慢性肝病基础疾病者风险高）。
甲状腺功能异常
甲状腺功能减退：甲状腺激素分泌不足会影响机体的代谢功能，进而干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能。甲状腺激素对维持正常的月经周期至关重要，当甲状腺功能减退时，可能出现月经周期延长、经量减少，严重时可导致闭经。据统计，约30%-40%的甲状腺功能减退女性会出现月经紊乱，包括不来月经的情况，各年龄段均可发病，但育龄女性相对更易受影响。
甲状腺功能亢进：甲状腺激素分泌过多时，也会对内分泌系统产生影响，导致月经失调，表现为月经周期缩短、经量减少，甚至闭经。不过相对甲状腺功能减退，甲状腺功能亢进导致闭经的发生率相对较低，但同样会对女性的生殖内分泌产生不良影响，不同年龄阶段的女性都可能患病，生活压力大、长期处于精神紧张状态的女性发病风险可能增加。
生殖系统器质性病变
宫腔粘连：多发生于人工流产、刮宫等宫腔操作术后，手术损伤导致子宫内膜基底层受损，引起宫腔部分或完全粘连。宫腔粘连会阻碍月经血的排出，从而出现不来月经的情况，同时可能伴有周期性下腹痛。这种情况在有宫腔操作史的女性中较为常见，尤其是多次宫腔操作的女性风险更高。
卵巢肿瘤
卵巢功能性肿瘤：如颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等，这些肿瘤能分泌雌激素，持续刺激子宫内膜，导致子宫内膜异常增生，进而引起月经紊乱，严重时可出现闭经。卵巢肿瘤可发生于任何年龄的女性，不同类型的卵巢肿瘤发病机制不同，但都与肿瘤细胞的异常分泌功能相关。
其他卵巢肿瘤：一些非功能性卵巢肿瘤，如卵巢浆液性囊腺瘤等，若肿瘤较大或影响卵巢的正常功能，也可能导致内分泌紊乱，引起月经不来。
全身性疾病
严重营养不良：长期摄入不足或消耗过多导致机体处于营养不良状态时，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能。因为下丘脑-垂体-卵巢轴的正常运行需要足够的营养物质支持，当营养缺乏时，激素的合成和分泌会受到影响，从而出现月经紊乱，包括不来月经的情况。这种情况在节食减肥过度、患有慢性消耗性疾病（如恶性肿瘤、结核病等）的人群中较为常见，各个年龄段都可能发生，但青少年女性因处于生长发育阶段，对营养需求较高，风险相对更高。
慢性肝病：肝脏是激素代谢的重要器官，慢性肝病会影响雌激素等激素的代谢过程。例如，肝硬化时肝脏对雌激素的灭活功能减弱，导致体内雌激素水平升高，进而干扰月经周期，出现月经不调甚至闭经的情况。慢性肝病患者各个年龄段都有，有慢性肝病基础疾病的人群患病风险增加。
