早上肚子痛可能由多种因素引起，饮食方面包括进食不洁食物、暴饮暴食或进食刺激性食物；胃肠道疾病有胃炎（慢性胃炎、胃溃疡）、肠道疾病（肠炎、肠易激综合征）；腹部受凉也会导致；其他系统疾病累及胃肠道，如泌尿系统的输尿管结石、膀胱炎，女性妇科的盆腔炎、子宫内膜异位症等也可能引发早上肚子痛。
一、饮食因素
1.进食不洁食物：若前一晚食用了被细菌、病毒等污染的食物，如变质的蔬菜水果、受污染的肉类等，细菌、病毒等病原体在肠道内繁殖，可引起肠道炎症反应，导致早上肚子痛。例如，沙门氏菌、大肠杆菌等感染常可引发急性肠炎，出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状，儿童由于肠道屏障功能相对较弱，更容易因进食不洁食物而发病。
2.暴饮暴食或进食刺激性食物：前一天晚上暴饮暴食，大量食物堆积在胃肠道，加重胃肠消化负担；或进食过多辛辣、油腻、生冷等刺激性食物，如辣椒、油炸食品、冰镇饮料等，这些食物可刺激胃肠道黏膜，引起胃肠痉挛或胃肠功能紊乱，从而导致早上肚子痛。年轻人由于生活节奏快，饮食不规律，更容易出现这种情况，长期如此还可能引发慢性胃炎、胃溃疡等疾病。
二、胃肠道疾病
1.胃炎：
慢性胃炎：多与幽门螺杆菌感染、长期不良饮食习惯、自身免疫等因素有关。患者胃黏膜长期受到炎症刺激，可在早上出现肚子痛，疼痛多为隐痛、胀痛等，还可能伴有腹胀、反酸、嗳气等症状。老年人由于胃肠功能衰退，且幽门螺杆菌感染率较高，是慢性胃炎的高发人群。
胃溃疡：主要是胃黏膜被胃酸和胃蛋白酶消化而形成的慢性溃疡。疼痛具有周期性、节律性特点，多在进食后一段时间出现，也可能在早上空腹时发作，疼痛性质可为钝痛、胀痛、灼痛等，还可伴有反酸、烧心、恶心、呕吐等症状。有长期精神紧张、吸烟、饮酒等不良生活方式的人群易患胃溃疡。
2.肠道疾病：
肠炎：除了进食不洁食物引起的急性肠炎外，慢性肠炎如溃疡性结肠炎、克罗恩病等也可导致早上肚子痛。溃疡性结肠炎主要累及直肠和结肠，表现为腹泻、黏液脓血便、腹痛，腹痛多为左下腹隐痛或绞痛；克罗恩病可累及胃肠道各部位，腹痛多位于右下腹或脐周，常呈间歇性发作。这类疾病与自身免疫异常等因素相关，中青年人群相对多见。
肠易激综合征：是一种常见的功能性胃肠病，病因尚不明确，可能与胃肠动力异常、内脏高敏感、肠道感染后、精神心理因素等有关。患者主要表现为腹痛、腹胀，腹痛以下腹和左下腹多见，疼痛性质多样，可在排便后缓解，常伴有排便习惯改变，如腹泻或便秘，或腹泻与便秘交替出现。各个年龄段均可发病，女性发病率相对较高。
三、腹部受凉
夜间睡眠时腹部保暖不当，腹部受凉后，胃肠道血管收缩，导致胃肠道痉挛，从而引起早上肚子痛。尤其是儿童，睡觉时易踢被子，更易出现腹部受凉的情况；老年人由于体温调节能力下降，也较容易因腹部受凉而腹痛。
四、其他系统疾病累及胃肠道
1.泌尿系统疾病：
输尿管结石：输尿管结石可引起腹部剧烈疼痛，疼痛可放射至下腹部、会阴部等，部分患者可在早上出现肚子痛的症状，同时可伴有血尿、尿频、尿急等症状。中青年男性相对多见，与代谢异常、尿路梗阻等因素有关。
膀胱炎：膀胱炎主要由细菌感染引起，除了有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状外，也可能出现下腹部疼痛，疼痛可在早上较为明显，老年人由于机体抵抗力下降，容易发生膀胱炎。
2.妇科疾病（女性）：
盆腔炎：女性盆腔内的器官发生炎症，如盆腔炎，可引起下腹部疼痛，疼痛可在早上加重，还可伴有阴道分泌物增多、异味，月经紊乱等症状。性生活活跃的中青年女性是盆腔炎的高发人群，与不洁性生活、宫腔操作等因素有关。
子宫内膜异位症：子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，如盆腔、卵巢等，可导致下腹部疼痛，多为慢性隐痛，在月经前后或早上可能加重，还可伴有痛经、月经不调、不孕等症状，多见于生育年龄的女性。
