HPV疫苗接种后有局部和全身不良反应，局部不良反应包括注射部位疼痛、红肿、瘙痒；全身不良反应有发热、头痛、疲劳、恶心等。特殊人群中，妊娠期女性一般不建议接种，哺乳期女性可接种，儿童青少年不良反应与成人有相似性但耐受不同，有过敏史人群需谨慎接种甚至绝对不能接种。
一、局部不良反应
1.注射部位疼痛：这是较为常见的局部不良反应，多数人在接种HPV疫苗后，注射部位会出现不同程度的疼痛，一般为轻度至中度，通常在接种后的1-2天内可自行缓解，其发生机制可能与疫苗接种时对局部组织的刺激有关，不同年龄、性别人群发生概率无显著差异，生活方式一般不影响该局部反应的发生，有注射部位感染病史的人群可能疼痛程度相对更明显且恢复时间可能稍长。
2.注射部位红肿：接种部位可能出现红肿现象，红肿范围一般较小，也是轻度至中度为主，同样多在短时间内消退，其原因是疫苗引起的局部炎症反应，各年龄、性别人群均可发生，生活方式对其影响不大，有局部皮肤敏感病史者红肿可能相对更明显且持续时间可能稍长。
3.注射部位瘙痒：少数人会出现注射部位瘙痒情况，一般程度较轻，多数可自行缓解，可能是疫苗引发的局部免疫反应导致的神经感觉异常，不同年龄、性别人群发生概率无明显差别，生活方式对其影响不显著，有局部皮肤过敏史者瘙痒可能更明显且需关注是否加重。
二、全身不良反应
1.发热：部分接种者可能出现发热症状，多为低热，体温一般在37.5-38.5℃之间，少数可能出现中度发热，发热通常在接种后1-3天内出现，持续时间较短，一般1-2天可自行消退。不同年龄人群中，儿童相对成人可能对发热更为敏感，但总体发热发生概率在各年龄阶段无绝对差异，性别因素对发热发生概率影响不大，生活方式如接种前有过度疲劳等情况可能增加发热发生的可能性，有发热病史者接种后需更密切观察体温变化。
2.头痛：一些接种者会出现头痛症状，头痛程度多为轻度，可自行缓解，其发生可能与疫苗接种后机体的免疫反应引起的全身应激有关，各年龄、性别人群均可发生头痛，生活方式中睡眠不足等可能加重头痛的发生，有头痛病史者接种后头痛可能更易出现且需注意观察头痛性质变化。
3.疲劳：接种后部分人会感觉疲劳，表现为全身乏力等，一般持续时间较短，数天内可恢复，不同年龄、性别人群均可能出现疲劳感，生活方式中接种前过度劳累者可能疲劳感更明显，有慢性疲劳综合征病史者接种后疲劳可能加重。
4.恶心：少数接种者会出现恶心症状，一般程度较轻，可自行缓解，可能是疫苗引起的胃肠道轻度应激反应，各年龄、性别人群均可发生，生活方式中空腹接种可能增加恶心发生的概率，有胃肠道疾病病史者恶心可能相对更易出现。
三、特殊人群的不良反应特点及注意事项
1.妊娠期女性：目前关于HPV疫苗对妊娠期女性及胎儿影响的研究有限，一般不建议妊娠期女性接种HPV疫苗，如果在接种后发现妊娠，无需因接种HPV疫苗而终止妊娠，但需密切观察妊娠情况。因为妊娠期女性机体处于特殊生理状态，疫苗接种可能带来的潜在影响尚不明确，所以要谨慎对待。
2.哺乳期女性：HPV疫苗可少量分泌至乳汁中，但目前尚无证据表明会对婴儿造成不良影响，哺乳期女性可以接种HPV疫苗，接种后可继续哺乳。哺乳期女性身体处于恢复阶段且需要喂养婴儿，接种疫苗相对安全，但仍需关注自身接种后的反应及婴儿的情况。
3.儿童及青少年：儿童及青少年接种HPV疫苗后的不良反应与成人有一定相似性，但由于儿童免疫系统等发育尚未完全成熟，可能对某些不良反应的耐受程度与成人不同。例如发热等全身反应可能相对更易出现，但总体严重不良反应发生概率较低。在接种前需向家长充分告知可能出现的不良反应，接种后密切观察儿童的反应情况。
4.有过敏史人群：有明确对HPV疫苗成分过敏史的人群绝对不能接种HPV疫苗。对于有其他食物、药物过敏史的人群，接种时需格外谨慎，详细告知医生过敏史情况，由医生评估接种风险后再决定是否接种。因为过敏史人群接种后发生严重过敏反应的风险可能增加。
