生化妊娠的原因包括胚胎因素（如染色体异常、胚胎发育潜能不足）、母体因素（如内分泌、子宫、免疫方面异常）、环境因素（如化学物质接触、辐射暴露）、生活方式因素（如吸烟饮酒、过度肥胖或消瘦）、病史因素（如既往流产史、其他慢性疾病史）。
一、胚胎因素
1.染色体异常：胚胎染色体异常是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常受孕时，精子和卵子结合形成受精卵，若受精卵在分裂过程中染色体发生数目或结构的异常，如染色体数目增多、减少或结构畸变等，会影响胚胎的正常发育，进而引发生化妊娠。大量研究表明，约50%-60%的早期自然流产（包括生化妊娠）是由于胚胎染色体异常所致，这种情况在年龄较大的女性中更为常见，因为随着女性年龄增长，卵子质量下降，染色体异常的概率增加。
2.胚胎发育潜能不足：即使胚胎染色体正常，其自身的发育潜能也可能存在问题。例如，胚胎在着床前的发育过程中，受到多种因素影响，如胚胎本身的基因表达异常等，导致胚胎无法正常着床和发育，最终发生生化妊娠。目前对于胚胎发育潜能不足的具体机制还在进一步研究中，但这是导致生化妊娠的一个重要胚胎层面的原因。
二、母体因素
1.内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持子宫内膜容受性和妊娠的正常进行至关重要。如果黄体功能不全，会导致孕酮分泌不足，使得子宫内膜不能很好地转化，不利于受精卵着床，从而增加生化妊娠的发生风险。研究发现，黄体期孕酮水平低于正常范围的女性，生化妊娠的发生率明显高于孕酮水平正常的女性。
甲状腺功能异常：甲状腺激素参与人体多种生理过程的调节，包括生殖系统。甲状腺功能减退或亢进都可能影响生殖功能。甲状腺功能减退时，机体内分泌环境紊乱，会影响卵子的发育、排卵以及子宫内膜的容受性等，进而增加生化妊娠的可能性；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰正常的生殖内分泌平衡，导致生化妊娠风险升高。
2.子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形，包括纵隔子宫、双角子宫等，会影响子宫的正常形态和宫腔内环境，使得受精卵着床困难或着床后不稳定，容易发生生化妊娠。另外，子宫内膜息肉、宫腔粘连等也会改变子宫内膜的容受性，影响胚胎着床，增加生化妊娠的发生几率。例如，有研究显示，存在宫腔粘连的女性生化妊娠发生率较正常女性高出数倍。
子宫内膜容受性不佳：子宫内膜容受性是指子宫内膜允许胚胎着床的一种生理状态。多种因素可影响子宫内膜容受性，如子宫内膜厚度异常，过薄或过厚都不利于胚胎着床；子宫内膜局部的细胞因子、黏附分子等表达异常等，都会导致子宫内膜容受性下降，从而引发生化妊娠。
3.免疫因素
自身免疫异常：母体自身存在的一些自身抗体可能会攻击胚胎，影响胚胎的正常发育和着床。例如，抗磷脂抗体综合征患者，体内存在抗磷脂抗体，这些抗体可通过多种途径影响胎盘的血管形成和血流灌注，导致胚胎供血不足，进而引发生化妊娠。研究表明，抗磷脂抗体阳性的女性生化妊娠发生率显著高于抗体阴性的女性。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受失衡也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎产生适度的免疫耐受，以保证胚胎不被排斥。但如果这种免疫耐受机制出现异常，母体免疫系统将胚胎识别为外来异物并进行攻击，就会导致胚胎着床失败或早期流产，包括生化妊娠。
三、环境因素
1.化学物质接触：女性在孕前或孕期接触某些有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，可能会对生殖系统产生不良影响，干扰卵子和精子的质量以及胚胎的发育，增加生化妊娠的发生风险。例如，长期接触高浓度苯的工作环境中的女性，其卵子质量下降，染色体异常的概率增加，从而更容易发生生化妊娠。
2.辐射暴露：过多的辐射暴露，如长期处于高辐射环境中工作或生活，会对生殖细胞造成损伤，影响受精卵的形成和胚胎的发育，进而导致生化妊娠。例如，从事放射相关工作的女性，如果没有做好防护措施，其发生生化妊娠的可能性会明显升高。
四、生活方式因素
1.吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子的质量和输卵管的功能，增加染色体异常的风险，从而提高生化妊娠的发生率；过量饮酒也会对生殖系统产生损害，干扰激素水平和胚胎发育过程，增加生化妊娠的可能性。有研究指出，每天吸烟超过10支或每周饮酒超过一定量的女性，生化妊娠的发生概率显著高于不吸烟不饮酒的女性。
2.过度肥胖或消瘦：过度肥胖会导致体内内分泌紊乱，影响排卵和激素水平，进而影响胚胎着床；过度消瘦则可能导致营养摄入不足，影响生殖系统的正常功能，同样会增加生化妊娠的发生风险。例如，体质指数（BMI）过高或过低的女性，其生化妊娠的发生率都高于BMI在正常范围（18.5-23.9）内的女性。
五、病史因素
1.既往流产史：有过多次流产史的女性，其生殖系统可能受到一定程度的损伤，子宫内膜的修复功能可能存在异常，同时身体的内分泌和免疫状态也可能发生改变，这些因素都使得再次妊娠时发生生化妊娠的风险增加。研究发现，既往有2次及以上流产史的女性，生化妊娠的发生率明显高于无流产史的女性。
2.其他慢性疾病史：患有一些慢性疾病，如糖尿病、高血压等，会影响全身的血液循环和内分泌代谢，进而对生殖系统产生不良影响。例如，糖尿病患者如果血糖控制不佳，会影响卵子的发育和胚胎的着床，增加生化妊娠的发生几率；高血压患者由于血管功能异常等原因，也可能影响胎盘的血流灌注，导致胚胎发育异常，引发生化妊娠。
