右侧卵巢畸胎瘤确切病因未完全明确，一般认为与生殖细胞异常（各年龄段女性可发病，育龄期女性因生殖细胞活跃等生理特点多见，具体机制待深入研究）、胚胎期发育异常（胚胎早期具全能分化功能的胚胎细胞异位生长至卵巢并持续生长分化形成，触发因素待探索）、遗传因素（部分研究提示可能相关，某些遗传性综合征可增加风险，具体作用及相关基因等需更多大规模研究精准界定）相关。
生殖细胞异常：卵巢生殖细胞具有潜在的多向分化潜能，在某些因素作用下，原始生殖细胞可能发生异常分化。正常情况下，生殖细胞会逐步发育成熟，但如果在分化过程中出现差错，就可能形成畸胎瘤。从年龄角度看，各年龄段女性都可能发生，但多见于育龄期女性，这与该阶段生殖细胞活跃等生理特点有一定关联，不过具体机制还需进一步深入研究来明确。
胚胎期发育异常：在胚胎发育早期，某些具有全能分化功能的胚胎细胞异位生长并脱离整体调控。这些异位的胚胎细胞可能随着胚胎发育移行到卵巢部位，在卵巢内持续生长分化，从而形成含有多种组织成分的畸胎瘤，像皮肤、毛发、牙齿、骨骼等组织成分都可能在其中出现，这是从胚胎发育异常角度对右侧卵巢畸胎瘤成因的一种解释，而这种胚胎期的异常情况往往是多种复杂因素共同作用导致的，具体的触发因素目前还在探索中。
遗传因素：有部分研究提示，右侧卵巢畸胎瘤的发生可能与遗传因素存在一定关系。某些遗传性综合征可能会增加患卵巢畸胎瘤的风险，例如一些染色体异常相关的遗传性疾病，可能会影响生殖细胞的正常发育过程，使得发生右侧卵巢畸胎瘤的几率升高。但目前关于遗传因素在右侧卵巢畸胎瘤发病中的确切作用及具体相关基因等还需要更多大规模的研究来精准界定，不同遗传背景的人群，其发病风险和具体机制可能存在差异，在有家族遗传倾向相关情况时，需要更加密切关注卵巢健康状况。
