上呼吸道感染的病因包括病毒感染（约70%-80%由病毒引起，如流感病毒等）、细菌感染（约20%-30%由细菌引起，多在病毒感染基础上继发）、环境因素（气候骤变致黏膜防御功能下降，空气污染损伤黏膜防御功能）、机体自身因素（儿童和老年人因免疫等原因易感染，有基础疾病者易感染且难控，不良生活方式影响免疫力易引发感染）。
一、病毒感染是主要病因
上呼吸道感染约70%-80%由病毒引起，常见的病毒有鼻病毒、冠状病毒、流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等。例如，流感病毒可在人群中引起季节性流行，不同年龄段人群都可能感染，儿童由于免疫系统发育尚不完善，相对更易受流感病毒侵袭，感染后上呼吸道会出现炎症反应，表现为鼻塞、流涕、咳嗽等症状。
二、细菌感染可引发或继发上呼吸道感染
约20%-30%的上呼吸道感染由细菌引起，常见的细菌有A组乙型溶血性链球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等。一般是在病毒感染的基础上继发细菌感染，比如原本因病毒感染导致上呼吸道局部防御功能下降，细菌趁机侵入引发更严重的炎症。成年人若本身有基础疾病，如糖尿病等，机体抵抗力较弱，更容易在病毒感染后继发细菌感染导致上呼吸道感染加重。
三、环境因素影响
1.气候因素：当气温骤变，如寒冷空气刺激，会使上呼吸道黏膜血管收缩，局部血液循环障碍，降低黏膜的防御功能，从而易引发感染。例如在秋冬季节，气温较低，人们户外活动减少，多在室内聚集，病毒更容易传播，上呼吸道感染的发生率相对升高。儿童由于体温调节能力较弱，对气候突变的适应能力差，在寒冷天气里更易因气候因素诱发上呼吸道感染。
2.空气污染：长期处于污染的空气中，如空气中存在大量的烟雾、粉尘、有害气体等，会损伤上呼吸道黏膜，使黏膜的纤毛运动受阻，防御功能降低，增加感染的风险。生活在工业污染严重地区的人群，相比生活在空气质量好地区的人群，上呼吸道感染的发生率可能更高。
四、机体自身因素
1.年龄：儿童时期，尤其是婴幼儿，免疫系统尚未发育成熟，呼吸道黏膜柔嫩，容易受到病原体侵袭，所以儿童是上呼吸道感染的高发人群。老年人随着年龄增长，机体的免疫功能逐渐衰退，呼吸道黏膜也会出现退行性改变，抵抗力下降，同样容易发生上呼吸道感染。
2.基础疾病：患有慢性呼吸道疾病，如慢性支气管炎、哮喘等的人群，呼吸道的防御功能已经受损，更容易发生上呼吸道感染，而且感染后病情往往较难控制，恢复时间可能更长。患有糖尿病的人群，由于血糖控制不佳时机体抵抗力下降，也容易反复发生上呼吸道感染。
3.生活方式：长期缺乏运动、过度劳累、吸烟、酗酒等不良生活方式会影响机体的免疫力。例如，长期吸烟的人，烟草中的有害物质会损害呼吸道黏膜，抑制呼吸道纤毛的运动，使呼吸道的自净功能下降，增加感染的机会。过度劳累会使机体的免疫力降低，从而容易遭受病原体的侵袭引发上呼吸道感染。
