乳腺乳头状瘤发病原因未完全明确，可能与激素水平异常（雌激素水平异常升高、孕激素与雌激素平衡失调）、乳腺导管扩张与阻塞（导管扩张改变微环境、导管阻塞致分泌物潴留刺激上皮增生）、遗传因素（部分患者有家族遗传倾向）、其他因素（生活方式不良、年龄性别差异、既往病史影响）相关。
1.激素水平异常
雌激素水平影响：雌激素在乳腺组织的生长发育中起着重要作用。长期的雌激素水平异常升高可能是诱发乳腺乳头状瘤的因素之一。例如，青春期过早来临、绝经延迟、长期服用含雌激素的药物等情况，都可能导致体内雌激素水平处于相对较高的状态，从而刺激乳腺导管上皮细胞异常增生，增加乳腺乳头状瘤的发生风险。从生理角度来看，雌激素能促进乳腺导管上皮细胞的增殖，当这种促进作用过度且失去正常调控时，就容易引发细胞的异常增殖形成乳头状瘤。对于女性而言，月经周期、妊娠、哺乳等生理过程都会引起体内雌激素水平的波动，若这种波动长期处于不稳定状态，也可能对乳腺组织产生影响。
孕激素平衡失调：孕激素与雌激素相互协同又相互制约，维持着乳腺组织的正常生理功能。当孕激素水平相对不足或与雌激素的平衡失调时，也可能参与乳腺乳头状瘤的发生。比如，一些女性存在内分泌紊乱，导致孕激素分泌减少，使得乳腺组织的生长调节失衡，上皮细胞容易出现异常增生形成乳头状瘤。
2.乳腺导管扩张与阻塞
导管扩张因素：乳腺导管的正常结构和功能对于维持乳腺组织的健康至关重要。各种原因导致的乳腺导管扩张，会使导管内的微环境发生改变。例如，老年女性乳腺组织出现退行性变时，导管可能会发生扩张，这为乳头状瘤的形成创造了一定条件。扩张的导管内空间增大，上皮细胞更容易受到各种因素的刺激而发生异常变化。
导管阻塞机制：导管阻塞会导致导管内的分泌物潴留，进而引起导管内压力升高。潴留的分泌物会对导管上皮产生刺激，促使上皮细胞增生。常见的导致导管阻塞的原因可能有炎症、纤维组织增生等。炎症会引起导管周围组织的反应，导致导管狭窄或阻塞；纤维组织增生也可能逐渐堵塞导管，使得分泌物无法正常排出，长期的潴留刺激最终可能引发乳头状瘤。
3.遗传因素
家族遗传倾向：部分乳腺乳头状瘤患者存在一定的家族遗传背景。研究表明，某些基因突变可能与乳腺乳头状瘤的遗传易感性相关。如果家族中有亲属患有乳腺乳头状瘤，那么其他家族成员患该病的风险可能会相对增加。例如，某些抑癌基因的突变可能会削弱机体对乳腺组织细胞异常增殖的抑制能力，从而使个体更容易发生乳腺乳头状瘤。不过，遗传因素并不是唯一的致病因素，只是增加了发病的可能性，还需要结合其他环境等因素共同作用才会导致疾病的发生。
4.其他因素
生活方式影响：长期的不良生活方式也可能对乳腺乳头状瘤的发生有一定影响。比如，长期高脂饮食，过多的脂肪摄入可能会影响体内激素的代谢平衡，进而影响乳腺组织的状态；缺乏运动的人群，身体的新陈代谢减缓，也可能增加乳腺疾病的发生风险。另外，长期精神压力过大，会导致内分泌系统紊乱，间接影响乳腺组织的正常生理功能，从而增加乳腺乳头状瘤的发病几率。
年龄与性别因素：乳腺乳头状瘤在女性中更为常见，这与女性的生理特点密切相关。在不同年龄段，发病风险也有所不同。青春期女性由于内分泌开始逐渐活跃，可能会有一定的发病风险，但相对较低；育龄期女性由于激素水平波动较大，是乳腺乳头状瘤的高发年龄段之一；绝经后的女性，随着体内激素水平的下降，发病风险会有所降低，但仍有一定的发病可能。而男性患乳腺乳头状瘤的情况较为罕见，这主要是因为男性体内雌激素水平相对较低，乳腺组织相对不发达，所以发病几率远低于女性。
既往病史影响：如果既往有乳腺的慢性炎症病史，如长期的乳腺导管炎等，炎症的长期刺激可能会导致乳腺导管上皮细胞的反复损伤和修复，在这个过程中容易出现细胞的异常增殖，从而增加乳腺乳头状瘤的发生风险。此外，有过乳腺良性肿瘤病史的患者，其乳腺组织处于相对不稳定的状态，再次发生乳头状瘤的可能性也会相对增加。
