男性尿道感染由多种因素引起，包括病原体感染（细菌、支原体衣原体、病毒等可通过不同途径入侵尿道）、尿道局部因素（尿道梗阻致尿液引流不畅、尿道损伤致黏膜屏障受损易引发感染）、机体免疫力低下（患病或用免疫抑制剂致抵御力弱易受侵袭）、生活方式因素（不注意个人卫生使细菌滋生、不洁性行为易接触病原体）。
病原体感染
细菌感染：大肠埃希菌是引起男性尿道感染较常见的细菌，它可通过尿道逆行侵入泌尿系统引发感染。例如，不注意尿道口卫生，细菌容易从尿道外口进入尿道并繁殖。另外，金黄色葡萄球菌等也可能导致尿道感染，当身体其他部位的感染病灶中的细菌经血液循环到达尿道时，也可引起尿道感染。
支原体、衣原体感染：不洁性行为可能导致支原体、衣原体感染尿道，从而引发非淋菌性尿道炎，这也是男性尿道感染的常见原因之一。
病毒感染：如单纯疱疹病毒等，可通过性接触等途径感染尿道，引起相应的尿道炎症反应。
尿道局部因素
尿道梗阻：男性如果存在尿道结石、前列腺增生等情况，会导致尿道梗阻，尿液排出不畅，尿液在尿道内停留时间延长，为细菌滋生提供了有利条件，容易引发尿道感染。比如前列腺增生的患者，增生的前列腺组织压迫尿道，使尿道狭窄，尿液引流受阻，细菌容易在局部繁殖而发生感染。
尿道损伤：尿道器械检查、性行为过于剧烈等可能造成尿道损伤，损伤后尿道黏膜防御屏障受损，细菌容易侵入引发感染。例如进行尿道镜检查时，如果操作不规范或患者自身尿道条件不佳，可能导致尿道黏膜损伤，从而增加感染风险。
机体免疫力低下
当男性机体免疫力下降时，如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂等，身体对病原体的抵御能力减弱，容易受到病原体侵袭而发生尿道感染。例如糖尿病患者，由于血糖水平较高，有利于细菌生长繁殖，同时机体的免疫功能也会受到影响，更容易发生尿道感染。
生活方式因素
不注意个人卫生：不经常清洗外阴、不勤换内裤等，会使尿道外口周围细菌滋生，增加尿道感染的几率。比如夏季出汗多，如果不及时清洁尿道外口，细菌容易繁殖引发感染。
不洁性行为：频繁更换性伴侣、无保护措施的性行为等，容易接触到各种病原体，从而增加尿道感染的风险。例如与感染病原体的性伴侣发生性行为，就很容易被传染而引发尿道感染。
