功能性消化不良的治疗药物包括促胃肠动力药、抑制胃酸分泌药、助消化药和抗抑郁焦虑药。促胃肠动力药能增强胃肠道蠕动、加快胃排空，儿童使用需谨慎；抑制胃酸分泌药可缓解反酸烧心等症状，老年人用药需注意不良反应；助消化药能补充消化酶促进食物消化，要纠正不良生活方式；部分伴有抑郁焦虑的患者可考虑用抗抑郁焦虑药，使用时需关注不良反应等问题。
一、促胃肠动力药
促胃肠动力药可以增强胃肠道蠕动，加快胃的排空，从而缓解功能性消化不良患者早饱、腹胀等症状。常用的有多潘立酮，它能促进胃排空和增加胃窦、十二指肠运动，改善消化不良相关症状；莫沙必利也是较为常用的促胃肠动力药，可选择性地激动5-羟色胺4（5-HT4）受体，促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良患者的消化不良症状。对于儿童功能性消化不良患者，使用促胃肠动力药需谨慎，应在医生指导下根据儿童具体情况权衡利弊后使用。
二、抑制胃酸分泌药
如果功能性消化不良患者伴有明显的反酸、烧心等症状，可使用抑制胃酸分泌药。H2受体拮抗剂如雷尼替丁，能选择性竞争结合胃壁细胞上的H2受体，使胃酸分泌减少；质子泵抑制剂如奥美拉唑，可特异性地抑制胃壁细胞顶端膜构成的分泌性微管和胞浆内的管状泡上的H+-K+-ATP酶，从而有效地抑制胃酸的分泌。老年人使用抑制胃酸分泌药时需注意药物可能带来的不良反应，如长期使用质子泵抑制剂可能影响钙吸收等问题，应在医生指导下合理用药。
三、助消化药
消化酶制剂属于助消化药，可补充消化酶，促进食物消化，改善消化不良症状。常见的有复方消化酶胶囊等，其含有多种消化酶，如胰蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等，能促进碳水化合物、脂肪、蛋白质的消化吸收。对于有不良生活方式，如暴饮暴食后出现消化不良的人群，可适当使用助消化药，但更重要的是纠正不良生活方式。
四、抗抑郁焦虑药
部分功能性消化不良患者可能伴有抑郁、焦虑等情绪障碍，对于这类患者可考虑使用抗抑郁焦虑药。如三环类抗抑郁药中的阿米替林等，但这类药物有一定的不良反应，如嗜睡、口干等，在使用时需密切关注患者反应，尤其对于有基础疾病的患者，要考虑药物相互作用等问题。对于女性功能性消化不良患者伴有情绪问题时，需综合考虑其生理特点等因素来选择合适的抗抑郁焦虑药。
