非淋菌性尿道炎由沙眼衣原体、解脲脲原体等病原体引起，男性发病初期有尿道刺痒等不适，分泌物先为稀薄黏液后变脓性，还可能并发附睾炎；女性尿道症状轻，阴道分泌物增多、异常，有瘙痒等，妊娠期感染需重视；新生儿通过产道感染可致眼结膜充血、水肿、有脓性分泌物，少数有呼吸道感染症状。
男性症状
尿道不适：发病初期多有尿道刺痒、灼热感或刺痛，部分患者可伴有轻重不一的尿频、尿急。例如，患者可能会感觉尿道内有异物感，排尿时这种不适感更为明显。随着病情发展，尿道分泌物情况也会变化，起初为少量稀薄的透明黏液性分泌物，晨起时可能会发现尿道口有少量痂膜封住，即“糊口”现象，随后分泌物可逐渐变为黏稠的脓性分泌物。
其他表现：有的患者可能会出现会阴部胀痛等不适，少数患者还可能并发附睾炎等，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显等。对于有高危性行为史且本身免疫功能正常的年轻男性来说，若出现上述尿道相关不适症状，需高度警惕非淋菌性尿道炎。而对于本身有基础疾病、免疫力低下的老年男性，症状可能相对不典型，但仍需密切关注尿道及相关部位的异常情况。
女性症状
尿道症状：女性患者的尿道症状相对男性可能不那么典型，部分患者会出现尿道不适，如尿道灼热感、轻度尿频等，但程度往往较男性轻。
阴道症状：主要表现为阴道分泌物增多，白带异常，可为黏液性或脓性白带，质地较稠厚。同时，可能伴有阴道瘙痒、灼热感等不适。例如，患者会发现内裤上有较多异常分泌物，且伴有阴道局部的不适感。另外，部分女性患者可能会出现下腹部不适等症状。对于育龄期女性，尤其是有不洁性生活史的，出现阴道分泌物异常及尿道轻度不适时，要考虑非淋菌性尿道炎的可能。而对于妊娠期女性，由于生理结构的特殊性及激素变化等因素，感染非淋菌性尿道炎后症状可能不典型，但如果不及时治疗，可能会对妊娠造成不良影响，如引起早产、胎膜早破等，所以需特别重视。
新生儿感染症状
眼结膜感染：如果母亲患有非淋菌性尿道炎，新生儿通过产道时可能会感染，引起眼结膜炎。表现为出生后1-14天出现眼结膜充血、水肿，有脓性分泌物等，严重时可影响视力。对于新生儿来说，由于其自身免疫系统尚未完全发育成熟，感染后的症状相对较为明显且需要及时处理，否则可能导致严重的眼部并发症。
呼吸道感染相关表现：少数新生儿可能会出现呼吸道感染的相关症状，如咳嗽等，但相对眼结膜感染来说较为少见。
