传染性软疣对身体有多方面危害，局部可致皮肤外观受影响、瘙痒搔抓易致破损感染扩散；有继发细菌感染等风险；对儿童易致扩散感染及心理不良影响，对免疫功能低下人群病情严重且治疗难易引发严重疾病威胁生命。
皮肤外观影响：传染性软疣主要表现为皮肤上出现半球形的丘疹，直径通常为2-5毫米，表面有蜡样光泽，中央有脐凹。这些皮疹好发于儿童的面部、躯干、四肢等部位，会影响皮肤的美观，尤其是对于注重外貌的人群，可能会造成心理压力。例如，在学校中，患有传染性软疣的儿童可能会因为皮疹影响外观而产生自卑情绪。对于成年人来说，若皮疹出现在暴露部位，也会影响日常生活中的社交等活动。
皮肤瘙痒与搔抓风险：部分患者会感到局部皮肤瘙痒，由于搔抓，可能会导致皮疹破损，一方面容易引起皮肤继发感染，另一方面搔抓还可能使皮疹扩散，因为病毒可以通过搔抓接种到身体其他部位，导致更多新的皮疹出现。比如儿童皮肤较为娇嫩，搔抓后更易引发感染，而且可能导致皮疹在身体多个部位出现。
继发感染风险
细菌感染：传染性软疣皮疹破损后，容易受到金黄色葡萄球菌等细菌的感染。一旦发生细菌感染，局部会出现红肿、疼痛加剧、有脓性分泌物等症状。严重时可能引起蜂窝织炎等疾病，影响身体健康。例如，当皮疹破损后接触到脏物，就容易引发细菌感染，对于免疫力较低的人群，如患有糖尿病等基础疾病的患者，感染可能会进一步加重病情，难以控制。
病毒扩散相关感染：虽然传染性软疣是由传染性软疣病毒引起，但病毒扩散后可能会影响皮肤的正常屏障功能，使身体更容易受到其他病原体的侵袭。而且，局部感染加重后可能会影响皮肤的正常代谢和功能，对整体健康产生不利影响。
对特殊人群的影响
儿童患者：儿童免疫系统尚未完全发育成熟，患传染性软疣后更容易出现皮疹扩散、继发感染等情况。而且儿童活泼好动，皮肤娇嫩，搔抓后引发感染的风险更高。例如，幼儿可能无法控制自己搔抓皮疹的行为，从而导致病情加重，影响皮肤的正常发育和身心健康。同时，儿童患传染性软疣后可能因为外观问题影响社交，对心理健康产生不良影响，如出现焦虑、孤僻等情绪问题。
免疫功能低下人群：如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的患者等，患传染性软疣后病情往往较为严重，皮疹数量多、范围广，而且更容易继发严重感染，治疗难度也更大。因为免疫功能低下人群自身清除病毒的能力较弱，病毒容易在体内大量繁殖，导致皮肤损害持续存在且难以治愈，还可能因为感染引发其他更严重的全身性疾病，威胁生命健康。
