胃食管反流的发生与多种因素相关，包括下食管括约肌结构或功能异常、食管清除作用降低、胃排空延迟、腹内压增高以及其他如年龄、性别、生活方式、病史等因素，这些因素通过不同机制导致胃内容物反流至食管。
一、下食管括约肌结构或功能异常
下食管括约肌是位于食管和胃之间的一组肌肉，正常情况下它收缩可防止胃内容物反流至食管。当该括约肌压力降低时，如某些激素影响（如妊娠时孕激素水平升高可能使括约肌松弛）、某些食物因素（如高脂肪饮食可降低括约肌压力），就容易导致胃食管反流。例如，有研究发现，高脂肪餐摄入后，下食管括约肌压力明显下降，增加了胃食管反流的发生风险。
二、食管清除作用降低
食管的清除作用主要依靠食管蠕动及唾液的中和作用来清除反流至食管的胃内容物。当食管蠕动减弱时，比如老年人食管蠕动功能生理性减退，就会使反流物在食管内停留时间延长，增加对食管黏膜的刺激时间，从而引发胃食管反流。另外，唾液分泌减少也会影响对反流物的中和及清除，例如一些患有干燥综合征的患者，唾液分泌不足，食管清除作用降低，胃食管反流的发生率相对较高。
三、胃排空延迟
胃排空速度减慢会使胃内压力升高，当胃内压力高于下食管括约肌压力时，就容易导致胃内容物反流。一些疾病状态会引起胃排空延迟，如糖尿病患者，由于自主神经病变，可能影响胃的蠕动功能，导致胃排空时间延长，进而增加胃食管反流的发生几率。还有部分人在进食过多过饱后，也会出现暂时性的胃排空延迟，引发反流。
四、腹内压增高
腹内压升高可促使胃内容物向食管方向挤压。常见的情况如肥胖人群，过多的腹部脂肪会增加腹内压力，从而增加胃食管反流的风险；妊娠中晚期的女性，增大的子宫会使腹内压升高，容易出现胃食管反流；剧烈咳嗽、便秘时用力排便等情况，也会导致腹内压短时间内急剧升高，诱发胃食管反流。
五、其他因素
年龄因素：儿童时期，食管下括约肌发育尚未完善，相对容易出现胃食管反流；老年人随着年龄增长，食管下括约肌功能减退、食管清除能力下降等，胃食管反流的发生率也会增加。
性别因素：一般来说，男女在胃食管反流的发生率上没有明显的性别差异，但在一些特殊情况，如妊娠时女性由于生理变化更容易发生胃食管反流。
生活方式因素：长期大量吸烟、饮酒的人，烟草中的尼古丁和酒精都会对食管下括约肌产生不良影响，导致括约肌松弛，增加胃食管反流的发生风险；长期精神紧张、焦虑等情绪状态也可能通过影响胃肠道的神经调节，诱发胃食管反流。
病史因素：患有某些胃肠道疾病，如胃溃疡、十二指肠溃疡等，可能会影响胃的正常功能，导致胃排空异常，进而引发胃食管反流；患有食管裂孔疝的患者，食管裂孔的结构异常会使下食管括约肌抗反流屏障功能减弱，更容易发生胃食管反流。
