巨细胞病毒感染症症状因感染对象不同而异，先天性感染有全身（低体重、黄疸、肝脾肿大、皮肤瘀点）、血液系统（贫血、血小板减少）、神经系统（小头畸形、脉络膜视网膜炎、惊厥）表现；围生期感染有呼吸及消化系统（咳嗽、气促、呕吐、腹泻）、肝脏及血液系统（肝功能异常、轻度贫血和血小板减少）表现；后天获得性感染多数无症状，有症状者中免疫功能正常者可呈单核细胞增多症样表现，免疫功能低下者症状严重且可累及多脏器。
一、先天性感染
1.全身表现
低体重、黄疸较为常见，黄疸可在出生后数天至数周内出现，持续时间较长，血清胆红素水平可升高，其中以结合胆红素升高为主，这是因为巨细胞病毒感染可能影响肝脏的胆红素代谢功能。
还可能出现肝脾肿大，通过体格检查可发现肝脏和脾脏的体积增大，这是由于病毒在肝脏和脾脏内复制，引起细胞的炎症反应和增生所致。
部分患儿会有皮肤瘀点，这与血小板减少等因素有关，巨细胞病毒感染可能导致骨髓中巨核细胞的功能异常，进而引起血小板生成减少或破坏增加。
2.血液系统表现
贫血较为常见，表现为面色苍白等，这是因为病毒感染影响了骨髓的造血功能，导致红细胞生成减少。外周血中红细胞计数、血红蛋白浓度可低于正常水平。
血小板减少也较常见，严重时可能增加出血风险，如皮肤瘀斑、鼻出血、牙龈出血等，血小板计数会低于正常范围。
3.神经系统表现
对于神经系统的影响，可能出现小头畸形，患儿的头围小于同年龄、同性别正常儿童的头围，这是由于病毒侵犯中枢神经系统，影响了脑的正常发育。
还可能有脉络膜视网膜炎，通过眼底检查可发现脉络膜出现炎症改变以及视网膜的病变，这会影响患儿的视力发育，严重时可导致失明。
部分患儿会有惊厥等表现，这是因为病毒感染引起颅内炎症，导致脑电活动异常。
二、围生期感染
1.呼吸及消化系统表现
呼吸道症状方面，可能出现咳嗽、气促等，这是由于病毒感染呼吸道，引起呼吸道黏膜的炎症反应，导致气道分泌物增多，影响呼吸功能。
消化系统症状有呕吐、腹泻等，病毒感染胃肠道，引起胃肠功能紊乱，导致消化吸收不良以及胃肠道的炎症反应，出现呕吐和腹泻等症状。
2.肝脏及血液系统表现
肝脏受累时可出现肝功能异常，血清转氨酶（如丙氨酸氨基转移酶、天冬氨酸氨基转移酶）升高，提示肝细胞受到损伤，这是因为病毒在肝脏内复制，引起肝细胞的炎症坏死。
血液系统方面可能有轻度贫血和血小板减少等情况，机制与先天性感染类似，病毒影响了骨髓的造血功能以及血小板的生成或破坏。
三、后天获得性感染
1.多数人无症状
大部分成人和儿童感染巨细胞病毒后可无明显症状，这是因为人体的免疫系统能够在一定程度上控制病毒的复制，使其处于潜伏状态，不引起明显的临床症状，但体内仍存在病毒，具有传染性。
2.有症状者的表现
少数免疫功能正常的感染者可能出现单核细胞增多症样表现，如发热、咽痛、淋巴结肿大等。发热一般为低热或中度发热，体温可在37.5-39℃左右，咽痛是由于病毒感染咽部引起炎症，淋巴结肿大常见于颈部、腋窝等部位的淋巴结，肿大的淋巴结质地一般较软，可有轻度压痛。
免疫功能低下者感染巨细胞病毒后症状较为严重，可累及多个脏器。例如肺部受累时，可出现肺炎相关表现，如咳嗽加重、呼吸困难等，胸部影像学检查可发现肺部有炎症浸润影；胃肠道受累时可出现腹痛、腹泻、呕血、便血等，这是因为病毒感染胃肠道黏膜，引起黏膜的炎症、溃疡等病变，影响胃肠道的正常功能。
