单纯疱疹由单纯疱疹病毒引起，有特定临床表现和相对局限的免疫影响；艾滋病由人类免疫缺陷病毒引起，不同阶段表现不同且严重破坏免疫系统。艾滋病患者易患严重且频繁复发的单纯疱疹，而反复发作的严重单纯疱疹可作为艾滋病预警信号之一。
1.病原体不同：单纯疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）引起，分为HSV-1型和HSV-2型。HSV-1型主要引起口周等部位的疱疹，HSV-2型主要与生殖器疱疹相关。而艾滋病是由人类免疫缺陷病毒（HIV）引起，HIV会攻击人体免疫系统中的CD4+T淋巴细胞等，导致免疫系统逐渐受损。
从科学研究来看，单纯疱疹病毒有其独特的病毒结构和复制机制，与HIV完全不同。例如，单纯疱疹病毒在感染人体后，会在神经节等部位潜伏，在机体免疫力下降等情况下复发，有大量的病毒学研究对其进行了。HIV则有其特有的逆转录等生命周期，这是与单纯疱疹病毒本质的不同点。
2.临床表现不同：单纯疱疹的典型表现是在皮肤黏膜交界处出现群集性的小水疱，水疱可破溃、糜烂、结痂，一般有疼痛或瘙痒等症状，病程有自限性，即使不治疗也可在1-2周左右愈合，但容易复发。而艾滋病在不同阶段表现不同，急性期可能出现发热、咽痛、盗汗、呕吐、腹泻、皮疹等非特异性症状；无症状期可无明显症状，但病毒在体内持续复制；艾滋病期则出现各种机会性感染和肿瘤等，如肺孢子菌肺炎、卡波西肉瘤等，病情严重且复杂，这些机会性感染和肿瘤的发生是由于艾滋病患者免疫系统严重受损，无法抵御各种病原体。
临床观察发现，单纯疱疹的疱疹表现有其特定的形态和好发部位等特征，而艾滋病的各种机会性感染和肿瘤是其免疫系统衰竭后的典型表现，这是两者在临床表现上的显著差异，有大量的临床病例资料可以佐证。
3.对免疫系统影响不同：单纯疱疹一般对免疫系统的影响相对局限，虽然会引起机体的免疫应答，但通常不会导致免疫系统的严重缺陷。而艾滋病病毒主要攻击免疫系统，使CD4+T淋巴细胞数量进行性减少，导致细胞免疫功能严重受损，进而引发各种机会性感染和肿瘤，免疫系统遭到毁灭性破坏。
研究表明，单纯疱疹病毒感染后，机体的免疫反应主要集中在局部和全身性的适度免疫应答，而HIV感染后，免疫系统的各个方面都受到严重干扰，从细胞免疫到体液免疫等都出现异常，有大量的免疫学研究数据支持这一点。
单纯疱疹与艾滋病的关联
1.艾滋病患者易患单纯疱疹且病情严重：艾滋病患者由于免疫系统受损，更容易感染单纯疱疹病毒，而且感染后病情往往比正常人更严重，病程更长，复发更频繁。例如，艾滋病患者感染单纯疱疹病毒后，疱疹可能持续不愈，范围更广，还可能出现更严重的全身症状等。这是因为艾滋病患者的免疫功能低下，无法有效控制单纯疱疹病毒的复制和感染扩散。
临床研究发现，在艾滋病患者群体中，单纯疱疹的发生率明显高于正常人群，并且病情的严重程度与患者的CD4+T淋巴细胞计数密切相关，CD4+T淋巴细胞计数越低，单纯疱疹的病情越严重，有相关的临床研究统计数据可以说明这一关联。
2.单纯疱疹可作为艾滋病的预警信号之一：当个体出现反复发作且较为严重的单纯疱疹时，尤其是对于有高危行为等情况的人群，需要警惕艾滋病的可能。因为单纯疱疹在艾滋病患者中较为常见，所以它可以作为提示免疫系统可能出现严重问题的一个信号，提醒人们进一步进行艾滋病相关检测。
流行病学调查等研究显示，在一些有高危暴露史的人群中，单纯疱疹的出现往往伴随着艾滋病感染的风险增加，通过监测单纯疱疹的发生情况，可以在一定程度上辅助艾滋病的早期发现，有相关的流行病学研究资料支持这一观点。
