治疗十二指肠溃疡的常用药物为质子泵抑制剂（PPI）、H受体拮抗剂、铋剂、抗生素等。
1.质子泵抑制剂（PPI）
如奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑和埃索美拉唑等。这类药物可以特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制壁细胞中的H-K-ATP酶的活性，从而有效抑制胃酸分泌，其抑酸作用强且持久，是治疗十二指肠溃疡的首选药物。
2.H受体拮抗剂
如西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁等。它们能选择性地阻断胃壁细胞上的H受体，使胃酸分泌减少，对基础胃酸分泌和夜间胃酸分泌有较强的抑制作用，但抑酸效果较PPI弱。
3.铋剂
如枸橼酸铋钾、胶体果胶铋等。在酸性环境中，铋剂可与溃疡面渗出的蛋白质相结合，形成一层保护膜覆盖于溃疡面，抵御胃酸、胃蛋白酶对溃疡的侵蚀，还具有促进前列腺素分泌、刺激碳酸氢盐和黏液分泌等作用，有助于溃疡的愈合。
4.抗生素
如果十二指肠溃疡是由幽门螺杆菌（Hp）感染引起的，通常需要使用抗生素进行根除治疗。常用的抗生素有阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、替硝唑、喹诺酮类抗生素（如左氧氟沙星）、呋喃唑酮等。一般采用两种抗生素联合使用，以提高根除率。
