慢性肠炎鉴别诊断方法包括病史采集、症状评估和体格检查、实验室检查、影像学检查。
1.病史采集
详细了解患者的病史是鉴别诊断的重要基础。了解症状的起始时间、发作频率、严重程度、缓解因素等。例如，若患者有不洁饮食史后出现慢性腹泻，可能与肠道感染后未彻底治愈有关；若有家族性肠道疾病史，则需警惕遗传因素导致的慢性肠炎。
2.症状评估
不同病因引起的慢性肠炎腹痛特点有所不同。溃疡性结肠炎多为左下腹或下腹阵痛，有疼痛便意便后缓解的规律；克罗恩病的腹痛常位于右下腹或脐周，呈间歇性发作，疼痛性质多样，可为隐痛、钝痛或绞痛。腹泻的频率、大便性状等有助于鉴别诊断。感染性慢性肠炎的腹泻可伴有黏液、脓血便；而肠易激综合征的腹泻多为糊状或稀水样便，一般无脓血。此外，腹泻与进食、精神因素的关系也很重要，如肠易激综合征常因精神紧张、焦虑等因素诱发或加重。
3.体格检查
全面的体格检查可以发现一些重要的体征。腹部触诊时，注意是否有压痛、肿块等。溃疡性结肠炎患者左下腹可有轻压痛；克罗恩病患者右下腹或脐周可触及肿块。同时，检查有无肝脾肿大、浅表淋巴结肿大等，有助于判断是否存在全身性疾病累及肠道。对于儿童患者，还需关注生长发育情况，若慢性肠炎长期不愈，可能影响儿童的生长发育。
4.实验室检查
粪便常规检查可发现白细胞、红细胞、虫卵等，有助于判断是否存在感染及感染的病原体类型。粪便培养可以明确是否有细菌、真菌等病原体感染。此外，粪便潜血试验有助于发现肠道是否有出血情况。血常规可了解是否有贫血及白细胞计数的变化，如感染性慢性肠炎患者白细胞可升高；炎症指标如C反应蛋白（CRP）、血沉（ESR）等可反映肠道炎症的活动程度。自身抗体检查对于诊断自身免疫性肠炎，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等有重要意义，常用的自身抗体包括抗中性粒细胞胞浆抗体（pANCA）、抗酿酒酵母抗体（ASCA）等。
5.影像学检查
X线钡剂灌肠检查可以观察肠道的形态、结构，了解是否有黏膜破坏、肠腔狭窄、充盈缺损等病变。对于溃疡性结肠炎，可见黏膜粗乱及颗粒样改变，肠壁边缘呈锯齿状；克罗恩病可见节段性肠道病变，肠腔狭窄，呈“线样征”。CT或MRI检查对于诊断肠道肿瘤、肠壁增厚、肠外并发症等有重要价值。如肠道淋巴瘤在CT上可表现为肠壁增厚、肿块形成，伴有或不伴有肠系膜淋巴结肿大。
