会厌囊肿的形成与先天性因素和后天性因素相关，先天性因素是会厌先天性发育畸形致小囊生长过多、开口不畅使黏液潴留；后天性因素包括炎症刺激致咽喉部慢性炎症使黏液腺导管阻塞、机械性损伤致会厌黏膜腺管受损使黏液排出受阻、黏液腺管不明原因阻塞致黏液积聚。
先天性因素：会厌先天性发育畸形，如会厌舌面胚胎发育过程中，小囊生长过多，开口不畅，导致黏液潴留形成囊肿，这种情况在婴幼儿及儿童中可能存在，由于先天性的发育异常，在胚胎时期就奠定了囊肿形成的基础，不同性别在先天性会厌囊肿的发病上无明显差异，主要与胚胎发育过程中的异常有关。
后天性因素
炎症刺激：长期的咽喉部慢性炎症，如咽炎、喉炎等，会反复刺激会厌黏膜下的黏液腺，使黏液腺导管阻塞，黏液潴留而形成囊肿。例如，长期吸烟、饮酒、过度用嗓的人群，咽喉部黏膜长期处于刺激状态，更容易发生咽喉部的慢性炎症，进而增加会厌囊肿的发病风险。不同性别在炎症刺激导致的会厌囊肿发病上无特异性差异，但长期吸烟的男性相对风险可能更高，因为男性吸烟的比例相对较高，长期吸烟对咽喉部黏膜的刺激更严重。
机械性损伤：咽喉部的外伤、手术等机械性因素，可能导致会厌黏膜的腺管受损，使黏液排出受阻，从而形成囊肿。比如进行咽喉部手术时操作不当，或者咽喉部受到外力撞击等情况，都可能引发会厌囊肿。不同性别在机械性损伤导致的会厌囊肿发病上无明显性别差异，主要与是否受到相关的机械性损伤事件有关。
黏液腺管阻塞：除了炎症等因素导致的黏液腺管阻塞外，一些其他不明原因也可能引起会厌黏膜下黏液腺管阻塞，使得黏液在腺管内积聚，逐渐形成囊肿。这种情况的发生机制相对较为复杂，目前研究还在进一步探索中，不同年龄、性别人群都可能因为黏液腺管阻塞而发病，但具体的发病概率在不同人群中的分布还需更多大规模研究来明确。
