心包囊肿成因未完全明确，主要与胚胎发育异常、遗传因素及其他后天因素相关，胚胎发育异常是妊娠早期原始心包腔分隔异常致剩余间皮细胞形成囊肿样结构脱离心包而成，部分与遗传因素有关，后天因素中胸部外伤等可能间接关联，有家族史者需留意健康监测，有胸部外伤史者也应关注心脏健康。
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，原始心包腔出现异常的分隔，部分剩余的间皮细胞发展成为囊肿样结构，这些结构逐渐脱离心包而形成心包囊肿。胚胎发育过程通常在妊娠早期完成，若在此期间受到某些因素影响可能导致这种发育异常情况发生，不同年龄阶段的人群都可能因胚胎发育阶段的异常而罹患心包囊肿，但胎儿期发育异常最终在出生后或后续检查中被发现相对多见。对于女性妊娠期间，应尽量避免接触有害的化学物质、辐射等可能干扰胚胎正常发育的因素，以降低胎儿出现胚胎发育异常相关疾病的风险。
遗传因素：有研究发现，部分心包囊肿的发生可能与遗传因素存在一定关联。某些特定的基因变异可能会增加个体发生心包囊肿的易感性，但目前相关的具体遗传机制还在进一步探索中。对于有家族中心包囊肿病史的人群，其后代相对普通人群在遗传易感性方面可能更高，但这并不意味着一定会发病，只是需要在后续的健康监测中更加留意。比如家族中有直系亲属患有心包囊肿，那么家族其他成员应定期进行心脏相关的检查，以便早期发现可能出现的心包囊肿情况。
其他因素：一些后天因素也可能对心包囊肿的发生起到一定作用，不过相对而言不是主要因素。例如胸部受到外伤后，虽然外伤本身直接导致心包囊肿的情况较少见，但外伤引起的局部组织变化等可能会对心包相关结构产生一定影响，在某些情况下可能间接与心包囊肿的形成存在一定关联，但这还需要更多的研究来明确具体的作用机制。对于有胸部外伤史的人群，也需要关注心脏部位的健康状况，定期进行检查。
