圆锥角膜的发生与遗传因素、眼部发育异常、全身性疾病相关因素及环境因素有关。约50%患者有家族遗传史，遗传因素通过染色体相关基因突变等影响角膜发育结构；眼部发育异常包括角膜生物力学异常（胶原纤维排列紊乱等致角膜易膨出）和基质层厚度不均（致角膜向薄弱区膨出）；某些全身性疾病如胶原血管性疾病可增加发病几率；长期不良用眼习惯、特定工作环境等环境因素可促进发病，相关人群需密切关注眼部健康、定期检查。
眼部发育异常
角膜生物力学异常
正常角膜的生物力学处于稳定状态，能够维持规则的形态。而在圆锥角膜患者中，角膜的胶原纤维排列紊乱，基质层的胶原纤维直径变小、数量减少，导致角膜的强度和韧性降低。这种生物力学的异常使得角膜在受到眼内压等生理因素作用时，更容易发生局部的膨出，逐渐形成圆锥样的改变。儿童和青少年处于眼部发育的关键时期，眼部生物力学的不稳定可能增加了圆锥角膜发生的风险，例如在青春期身体快速发育阶段，激素水平变化等因素可能进一步影响角膜的生物力学特性。
基质层厚度不均
正常角膜基质层厚度均匀，而圆锥角膜患者的角膜基质层存在明显的厚度不均现象，通常表现为角膜中央或旁中央区基质层变薄。这种厚度的差异会导致角膜各部位承受压力的不均衡，进而促使角膜向薄弱区膨出，形成圆锥角膜的典型形态。对于婴幼儿及儿童来说，眼部结构仍在不断发育，基质层厚度不均的情况如果在发育过程中逐渐加重，就可能发展为圆锥角膜。因此，关注儿童早期眼部基质层的发育情况对于早期发现圆锥角膜至关重要。
全身性疾病相关因素
某些全身性疾病也可能与圆锥角膜的发生存在关联。例如，胶原血管性疾病，像类风湿关节炎等，这类疾病会影响全身的结缔组织，包括角膜的结缔组织。由于胶原代谢异常，角膜的结构和功能受到影响，增加了圆锥角膜的发病几率。对于患有此类全身性疾病的患者，需要更加警惕眼部并发症的发生，定期进行眼科检查，以便及时发现圆锥角膜等眼部病变。同时，在治疗全身性疾病的过程中，也需要考虑到药物等因素对眼部可能产生的影响，综合评估眼部健康状况。
环境因素
长期的不良用眼习惯可能对圆锥角膜的发生起到一定的促进作用。例如，长时间近距离用眼、过度使用电子设备等，会导致眼部疲劳，增加眼内压的波动，进而对角膜的形态产生不利影响。此外，一些特定的工作环境，如长期处于粉尘、化学物质等环境中，可能会对角膜造成慢性损伤，影响角膜的正常结构和功能，从而增加圆锥角膜的发病风险。对于长期从事这类工作的人群，需要注意眼部的防护，减少不良环境因素对眼部的刺激，定期进行眼部检查，早期发现可能出现的角膜病变。
