早上起来口臭可由口腔局部因素、全身系统性疾病及其他因素导致。口腔局部因素包括菌斑牙石堆积、龋齿、牙龈炎牙周炎；全身系统性疾病有消化系统的胃炎胃溃疡、幽门螺杆菌感染，呼吸系统的鼻窦炎、慢性支气管炎；其他因素包含不良生活习惯如长期吸烟、饮酒、长期不吃早餐及药物因素致口干进而口臭。
龋齿：牙齿发生龋坏时，龋洞内容易残留食物碎屑，细菌在龋洞内发酵分解食物残渣，产生有臭味的代谢产物。儿童由于喜欢吃甜食且口腔清洁相对不彻底，患龋齿的概率较高，早上起来也较易出现口臭；成年人龋齿若未及时治疗，同样会引发口臭问题，且随着年龄增长，牙齿硬组织逐渐磨损，也可能增加龋齿发生风险。
牙龈炎、牙周炎：牙龈发炎时，牙龈组织充血、水肿，容易出血，细菌在炎症部位大量繁殖，产生异味。牙周炎患者除了牙龈炎症外，还存在牙周袋形成、牙槽骨吸收等情况，牙周袋内会有大量致病菌，这些细菌代谢产生的物质会导致口臭。不同年龄段人群都可能患牙龈炎、牙周炎，年轻人若有不良口腔习惯如吸烟、不正确刷牙等易患，老年人由于牙龈退缩等原因也较易出现牙周问题进而导致口臭。
全身系统性疾病引起早上起来口臭
消化系统疾病：
胃炎、胃溃疡：此类患者胃肠道消化功能紊乱，食物在胃内排空时间延长，容易产生反流，胃内的异味可通过食管反流至口腔，导致早上起来口臭。有研究表明，约一定比例的胃炎、胃溃疡患者存在口臭症状，且病情越严重，口臭可能越明显。不同年龄人群均可患胃炎、胃溃疡，饮食不规律、长期服用非甾体抗炎药等因素可增加发病风险，老年人胃肠功能减退，更易受这些因素影响而患病出现口臭。
幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌可在胃内定植，其产生的尿素酶能分解尿素产生氨等有异味的物质，从而导致口臭。幽门螺杆菌感染在各年龄层都较为常见，儿童可能通过密切接触等途径感染，成年人感染率也较高，感染幽门螺杆菌的人群早上起来口臭的发生率相对较高。
呼吸系统疾病：
鼻窦炎：鼻窦内炎症会产生脓性分泌物，这些分泌物可倒流至咽部，从而引起口臭。各年龄层均可发生鼻窦炎，儿童鼻窦发育尚未完善，呼吸道感染等易引发鼻窦炎；成年人由于过敏、鼻腔结构异常等也可能患鼻窦炎导致口臭。
慢性支气管炎：患者气道内分泌物增多，且细菌容易在气道内繁殖，部分分泌物可经口腔排出，导致口臭。老年人由于呼吸道黏膜功能减退，更容易患慢性支气管炎，进而出现早上起来口臭的情况。
其他因素导致早上起来口臭
不良生活习惯：
长期吸烟：烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔中，且吸烟会使口腔处于相对缺氧状态，有利于产臭细菌滋生，长期吸烟的人早上起来口臭较为常见。不同年龄、性别的吸烟者都可能受此影响，青少年吸烟危害更大，会影响口腔健康和全身健康。
饮酒：酒精会使口腔黏膜干燥，同时酒精本身的气味以及酒精代谢产物可通过口腔呼出，导致口臭。长期大量饮酒者更容易出现早上起来口臭的情况，不同年龄和性别的饮酒者均受影响，老年人肝脏代谢功能减退，饮酒后更易在口腔残留异味。
长期不吃早餐：经过一夜的空腹，口腔唾液分泌减少，细菌繁殖增多，容易产生口臭。各年龄层都可能因长期不吃早餐出现早上起来口臭，尤其是年轻人工作忙碌易忽视早餐。
药物因素：某些药物服用后可能会引起口干，从而导致口臭。例如，一些降压药、抗抑郁药等可能有导致口干的副作用。不同人群因疾病服用相应药物时需注意药物的副作用，老年人肝肾功能减退，服用药物后更要关注口腔情况，若出现口臭可咨询医生是否与药物有关。
