雌激素分泌减少可由多种因素引起，包括垂体疾病（如垂体瘤影响促性腺激素分泌致雌激素减少）、卵巢疾病（如卵巢早衰、切除术后、多囊卵巢综合征致雌激素分泌异常）、下丘脑功能异常（如病变影响促性腺激素释放激素分泌或精神心理因素通过轴影响雌激素）、年龄因素（青春期前、绝经过渡期及绝经后雌激素分泌有相应变化）、生活方式因素（营养不良、过度运动、吸烟饮酒影响雌激素合成或代谢）、其他病史因素（自身免疫性疾病累及内分泌系统或化疗损伤卵巢致雌激素减少）。
1.垂体疾病：垂体是调节内分泌的重要器官，若垂体发生病变，如垂体瘤等，会影响促性腺激素的分泌，进而导致雌激素分泌减少。垂体瘤可分为功能性和无功能性，功能性垂体瘤中泌乳素瘤较为常见，高泌乳素血症会抑制下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，使雌激素合成和分泌减少。例如，有研究发现垂体泌乳素瘤患者中约半数存在雌激素水平降低的情况。
2.卵巢疾病：卵巢是产生雌激素的主要场所，卵巢本身的病变会直接影响雌激素的分泌。卵巢早衰是常见原因之一，女性在40岁以前出现卵巢功能衰退，卵巢内卵泡耗竭或被破坏，导致雌激素分泌显著减少。另外，卵巢切除术后，由于卵巢组织缺失，无法正常合成和分泌雌激素。还有多囊卵巢综合征，患者卵巢内存在多个小卵泡，但不能发育成熟排卵，同时存在内分泌紊乱，雄激素水平升高，会反馈抑制下丘脑-垂体-卵巢轴，使得雌激素相对不足。
下丘脑功能异常
1.下丘脑病变：下丘脑是内分泌调节的枢纽，若下丘脑发生病变，如肿瘤、炎症等，会影响促性腺激素释放激素的分泌，从而影响垂体促性腺激素的分泌，最终导致雌激素分泌减少。例如下丘脑的胶质瘤等病变，会干扰促性腺激素释放激素的正常分泌，进而影响整个内分泌轴的功能。
2.精神心理因素：长期的精神压力、焦虑、抑郁等不良情绪可通过下丘脑-垂体-卵巢轴影响雌激素的分泌。精神心理因素会导致神经递质失衡，进而影响下丘脑促性腺激素释放激素的分泌节律和量，使得垂体促性腺激素分泌异常，最终引起雌激素水平降低。有研究表明，长期处于高压力状态下的女性，雌激素水平较正常女性偏低。
年龄因素
1.青春期前：青春期前女性体内雌激素水平本身较低，随着年龄增长，到青春期时雌激素水平才逐渐升高。但如果青春期前出现某些内分泌异常情况，也可能导致雌激素分泌不足，例如先天性卵巢发育不全等遗传疾病，会影响卵巢的正常发育和雌激素分泌。
2.绝经过渡期及绝经后：女性进入绝经过渡期后，卵巢功能逐渐衰退，卵泡发育异常，雌激素分泌量逐渐减少。到绝经后，卵巢几乎不再分泌雌激素，雌激素水平处于较低状态。一般来说，女性绝经后雌激素水平会下降到很低的水平，这是正常的生理过程，但也有部分女性可能因为卵巢功能过早衰退等原因导致绝经提前，雌激素水平过早降低。
生活方式因素
1.营养不良：长期营养不良，尤其是蛋白质、脂肪等摄入不足，会影响激素的合成原料。雌激素属于类固醇激素，其合成需要足够的营养物质作为原料，缺乏蛋白质等营养成分会影响雌激素的合成，导致雌激素水平降低。例如长期节食减肥的女性，容易出现营养不良，进而影响雌激素分泌。
2.过度运动：高强度、长时间的过度运动可能会影响内分泌功能。过度运动可导致体内激素代谢紊乱，影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，使雌激素分泌减少。有研究发现，长期进行大运动量训练的运动员，雌激素水平较普通人群偏低。
3.吸烟饮酒：吸烟会影响血管内皮功能，进而影响卵巢的血液供应，影响卵巢的功能。酒精会干扰肝脏对雌激素的代谢，影响雌激素的正常代谢过程。长期吸烟饮酒的女性，雌激素水平往往低于不吸烟不饮酒的女性。
其他病史因素
1.自身免疫性疾病：某些自身免疫性疾病可累及内分泌系统，导致雌激素分泌减少。例如自身免疫性卵巢炎，机体的免疫系统错误地攻击卵巢组织，导致卵巢功能受损，雌激素分泌降低。还有甲状腺自身免疫性疾病，甲状腺功能异常会通过下丘脑-垂体-甲状腺轴影响到下丘脑-垂体-卵巢轴，间接导致雌激素分泌异常。
2.化疗等治疗因素：某些恶性肿瘤患者接受化疗时，化疗药物可能会损伤卵巢组织，导致卵巢功能减退，雌激素分泌减少。例如乳腺癌患者在接受某些化疗方案时，化疗药物对卵巢的毒性作用可能会引起卵巢功能早衰，雌激素水平大幅下降。
