生化妊娠的常见原因包括胚胎因素、母体因素和其他因素。胚胎因素有染色体异常和胚胎质量不佳；母体因素涉及子宫因素（子宫解剖结构异常、子宫内膜容受性差）、内分泌因素（激素水平异常、甲状腺功能异常）、免疫因素（自身免疫异常、同种免疫异常）；其他因素包含生活方式因素（吸烟、酗酒）和环境因素（接触环境污染物、高辐射）。
1.胚胎因素：
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常的胚胎发育依赖于染色体的正常配对与分离。如果胚胎本身存在染色体数目或结构的异常，比如染色体数目增多（如21-三体综合征相关的染色体异常情况）、染色体结构缺失、易位等，就会影响胚胎的正常着床和发育，从而引发生化妊娠。从科学研究来看，大量的生殖医学数据表明，约50%-60%的早期自然流产（包括生化妊娠）是由于胚胎染色体异常导致的。在不同年龄段的女性中，胚胎染色体异常的发生率有所不同，一般随着女性年龄的增加，尤其是35岁以上的女性，胚胎染色体异常的概率显著升高，这也使得该年龄段生化妊娠的发生风险相对较高。
胚胎质量不佳：除了染色体异常外，胚胎自身的质量也可能因多种因素受到影响。例如，精子或卵子在形成过程中受到不良因素的影响，如男性长期接触放射性物质、化学毒物等导致精子质量下降；女性长期处于不良的生活环境中，如吸烟、酗酒等，或者患有某些影响卵子质量的疾病，都可能使形成的胚胎质量较差，难以在子宫内成功着床，进而发生生化妊娠。
2.母体因素：
子宫因素：
子宫解剖结构异常：如子宫畸形，像纵隔子宫、单角子宫等。纵隔子宫会使子宫宫腔的形态发生改变，影响胚胎着床的空间和环境；单角子宫由于只有一侧的子宫角有宫腔，内膜面积相对较小，不利于胚胎的着床和发育。研究发现，患有子宫解剖结构异常的女性发生生化妊娠的概率比子宫结构正常的女性明显增高。
子宫内膜容受性差：子宫内膜容受性是指子宫内膜允许胚胎着床的能力。子宫内膜的厚度、形态以及激素受体的表达等因素都会影响其容受性。例如，子宫内膜过薄（厚度小于7mm左右）或过厚、子宫内膜炎等情况都可能导致子宫内膜容受性下降，使胚胎难以着床，引发生化妊娠。一些内分泌紊乱性疾病可能会影响子宫内膜的周期性变化，进而影响其容受性。
内分泌因素：
激素水平异常：
孕酮水平不足：孕酮是维持妊娠早期子宫内膜蜕膜化、保证胚胎着床和发育的重要激素。如果母体孕酮分泌不足，子宫内膜的状态不利于胚胎着床，就容易发生生化妊娠。例如，黄体功能不全的女性，黄体期分泌的孕酮量不足，使得子宫内膜不能很好地转化为适合胚胎着床的状态，从而增加了生化妊娠的发生风险。多项研究显示，黄体功能不全的女性生化妊娠发生率可达到30%-40%。
人绒毛膜促性腺激素（hCG）分泌异常：hCG由胚胎滋养层细胞分泌，对维持妊娠起着重要作用。如果胚胎发育异常，hCG分泌量就会不足，无法维持正常的妊娠过程，导致生化妊娠。此外，母体自身的内分泌疾病，如甲状腺功能减退等，也可能影响hCG的正常分泌和作用，进而影响妊娠的结局。
甲状腺功能异常：甲状腺功能亢进或减退都会对妊娠产生影响。甲状腺激素参与了机体的多种代谢过程，包括生殖系统的代谢。甲状腺功能减退时，机体的代谢率降低，可能影响子宫内膜的容受性以及胚胎的发育环境；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平可能干扰正常的内分泌平衡，增加生化妊娠的发生风险。有研究表明，甲状腺功能异常的女性生化妊娠发生率较甲状腺功能正常的女性高出约2-3倍。
免疫因素：
自身免疫异常：母体的自身免疫状态异常可能会攻击胚胎，导致生化妊娠。例如，抗磷脂抗体综合征患者，体内存在抗磷脂抗体，这种抗体可与胎盘血管内皮细胞结合，影响胎盘的血流灌注，阻碍胚胎的正常发育，从而引发生化妊娠。据统计，抗磷脂抗体综合征患者发生生化妊娠的概率约为20%-30%。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体的免疫系统需要对胚胎产生一定的耐受，以避免将胚胎当作异物进行排斥。如果母体的同种免疫调节机制出现异常，不能有效地对胚胎进行耐受，就可能导致胚胎被免疫排斥，引发生化妊娠。
3.其他因素：
生活方式因素：
吸烟：女性吸烟会对卵子质量和子宫内膜产生不良影响。香烟中的尼古丁等有害物质会损伤卵子，降低卵子的质量，同时还会影响子宫内膜的血液循环，使子宫内膜的容受性下降。有研究发现，吸烟的女性生化妊娠的发生率比不吸烟的女性高出约1.5-2倍。
酗酒：长期大量饮酒会干扰女性的内分泌系统，影响激素的正常分泌和代谢，进而影响胚胎的着床和发育。酒精还可能直接损害生殖细胞，导致胚胎染色体异常的概率增加，从而提高生化妊娠的发生风险。
环境因素：长期接触某些环境污染物，如铅、汞、苯等化学物质，或者处于高辐射环境中，都可能对生殖系统产生不良影响，增加生化妊娠的发生概率。例如，在电子厂等长期接触辐射的工作环境中，女性发生生化妊娠的风险可能会升高。
