乙脑初期起病较急有全身中毒症状持续数天，极期有高热、意识障碍、惊厥或抽搐、呼吸衰竭、脑膜刺激征及颅内压增高表现，恢复期体温渐降神经系统症状逐日好转一般数周可完全恢复，部分重症者6个月后有失语等后遗症需长期康复干预。
一、初期
乙脑初期通常起病较急，患者体温在1～2天内可迅速升至39～40℃，同时伴有头痛、精神倦怠、食欲减退等全身中毒症状，部分患者还可能出现轻度嗜睡、恶心、呕吐等表现，此期持续1～3天。
二、极期
1.高热：体温多持续在39～40℃以上，且发热越高、热程越长，病情往往越重，高热一般持续3～10天。
2.意识障碍：表现为嗜睡、谵妄、昏迷等，意识障碍程度和持续时间与病情严重程度相关，重症患者可深度昏迷。
3.惊厥或抽搐：多由高热、脑实质炎症及脑水肿等引起，可表现为局部肌肉抽搐、肢体阵挛性抽搐或全身强直性抽搐，频繁抽搐可加重缺氧和脑实质损伤。
4.呼吸衰竭：是乙脑最严重的表现和主要死亡原因，主要因脑实质炎症、脑水肿、脑疝、低血钠性脑病等所致，表现为呼吸节律不规则、幅度不均，如呼吸表浅、双吸气、叹息样呼吸等，严重时可出现呼吸停止。
5.脑膜刺激征：患者可有颈项强直、克氏征及布氏征阳性等表现。
6.颅内压增高表现：可见剧烈头痛、呕吐、血压升高、脉搏减慢等，婴幼儿患者前囟隆起。
三、恢复期
此期患者体温逐渐下降至正常，神经系统症状和体征逐日好转，一般2周左右可完全恢复。但部分重症患者在发病6个月后仍存在精神神经症状，进入后遗症期。
四、后遗症期
部分患者发病6个月后仍有精神神经症状，常见的后遗症有失语、肢体瘫痪、癫痫、智力减退等，严重影响患者的生活质量，其中不同年龄人群的表现可能有所差异，如儿童患者可能在肢体运动功能恢复方面与成人有不同特点，需长期康复干预。
