肾积水长期存在会带来诸多危害，可致肾功能损害，使肾小球滤过率下降，影响儿童肾脏正常构建；易引发泌尿系统感染，女性因生理特点更易感染，老年人治疗难度大且感染易扩散；利于肾脏结石形成，结石会加重肾积水；严重长期未治可发展为肾功能衰竭，有基础疾病者风险更高，儿童出现肾功能衰竭影响极大。
泌尿系统感染
尿液在肾盂肾盏内潴留，为细菌滋生提供了良好的环境，容易引发泌尿系统感染。常见的致病菌如大肠杆菌等可在积水的尿液中大量繁殖，导致肾盂肾炎、膀胱炎等感染性疾病。感染发生时，患者可出现发热、尿频、尿急、尿痛等症状，若感染反复发作，会进一步加重肾脏的损害。对于女性患者，由于其尿道较短等生理特点，相较于男性更易在肾积水基础上发生泌尿系统感染，且感染后病情可能更容易迁延不愈。而对于老年人，自身免疫力相对较低，肾积水引发泌尿系统感染后，治疗难度可能更大，且感染容易扩散，引发更严重的全身感染症状。
肾脏结石形成
肾积水时，尿液中的晶体物质容易沉积，同时尿液引流不畅使得尿液中抑制晶体形成的物质浓度降低，这些因素都有利于肾脏结石的形成。结石形成后会进一步梗阻尿路，加重肾积水，形成恶性循环。例如，一些肾积水患者后续会并发肾脏结石，结石的存在会反复刺激尿路黏膜，导致血尿、疼痛等症状加重，并且会严重影响肾脏的正常结构和功能。对于有既往肾脏结石病史的患者，肾积水状态下更容易再次形成新的结石，需要更加密切地监测和预防。
肾功能衰竭
严重且长期未得到有效治疗的肾积水最终可能发展为肾功能衰竭。当肾脏的结构和功能遭到严重破坏，无法维持正常的生理功能时，就会出现肾功能衰竭，表现为少尿或无尿、电解质紊乱、酸碱平衡失调等一系列严重的临床综合征。对于患有基础疾病如糖尿病、高血压等的患者，肾积水导致肾功能衰竭的风险可能更高，因为这些基础疾病本身就可能对肾脏功能有一定损害，再加上肾积水的影响，会加速肾功能的恶化。而儿童患者如果出现肾功能衰竭，会对其生长发育、身体各系统功能产生极为严重的影响，需要及时采取有效的治疗措施来挽救肾功能。
