真菌气管炎有呼吸道相关的咳嗽（可为持续性干咳或伴少量黏痰，儿童有频繁清嗓等表现）、咳痰（多为白色黏液样，老年患者咳痰费力）；全身有部分患者发热（免疫低下者更持续或波动大）、乏力（老年人更明显）；还有胸闷气短（病情重或合并基础病时加剧）、病情迁延有体重下降（儿童体重不增或缓慢）等表现。
一、呼吸道相关症状
1.咳嗽：多为持续性咳嗽，可为刺激性干咳，也可伴有少量黏痰，部分患者咳嗽较为剧烈，不同年龄段患者表现有差异，儿童可能以频繁清嗓等方式体现，其机制与真菌刺激呼吸道黏膜引起炎症反应，导致气道感受器受刺激有关，临床研究显示约60%以上真菌气管炎患者存在不同程度咳嗽症状。
2.咳痰：痰液多为白色黏液样，若合并其他病原体感染，痰液颜色、质地可发生改变，老年患者因呼吸道纤毛运动功能减退，咳痰相对费力，相关研究表明老年真菌气管炎患者中约40%存在咳痰困难情况。
二、全身症状
1.发热：部分患者出现不同程度发热，体温多在37.5℃~39℃，免疫功能低下人群如长期使用免疫抑制剂者、艾滋病患者等，发热可能更持续或体温波动大，有研究发现免疫抑制状态下真菌气管炎患者发热持续时间平均较免疫正常者长2~3天。
2.乏力：患者常感全身疲倦、无力，活动耐力下降，老年人因体力储备不足，乏力症状更明显，临床观察显示老年真菌气管炎患者中约70%存在不同程度乏力表现，与机体感染后代谢紊乱、炎症因子释放影响能量代谢有关。
三、其他伴随症状
1.胸闷、气短：病情较重时可出现胸闷、呼吸不畅，活动后症状加重，有基础肺部疾病（如慢性阻塞性肺疾病）患者合并真菌气管炎时，胸闷气短症状加剧，相关数据显示合并基础肺部疾病的真菌气管炎患者中约80%存在胸闷气短加重情况，是由于真菌感染加重气道阻塞及肺部通气功能障碍所致。
2.体重变化：病情迁延不愈时部分患者出现体重下降，儿童患者可表现为体重不增或增长缓慢，系因感染导致机体消耗增加、营养摄入减少，研究表明病程超过2周的真菌气管炎患者中约30%出现体重下降，儿童患者体重异常更需关注其营养状态及生长发育情况。
