真菌性肺炎症状多样且患者间有差异，呼吸系统症状包括咳嗽（可为干咳或伴少量痰液，部分剧烈且持续久）、咳痰（性状因菌和病情而异，合并细菌感染可呈脓性）、呼吸困难（病情重时出现且随病情进展加重，老年或有基础肺病者更明显）；全身症状有发热（多数患者有，免疫低下者更常见且热型不典型）、乏力（感全身疲倦无力，老年患者更突出）、消瘦（病情久时体重减轻，儿童长期患病可影响生长发育）。
呼吸系统症状：
咳嗽：较为常见，可为干咳，也可伴有少量痰液，部分患者咳嗽较为剧烈，持续时间较长。例如，有研究表明，在一些肺曲霉菌感染的患者中，咳嗽是早期常见的症状之一，可持续数周甚至数月。
咳痰：痰液的性状因真菌种类及病情不同而有所差异。有的患者可咳出白色黏液痰，若合并细菌感染，痰液可变为脓性。
呼吸困难：病情较重时可能出现，这是由于肺部受到真菌侵袭，影响了气体交换功能。随着病情进展，呼吸困难可能逐渐加重，严重时可影响患者的日常活动，如行走、上楼等。对于老年患者或本身有基础肺部疾病（如慢性阻塞性肺疾病）的患者，真菌性肺炎导致的呼吸困难可能会更明显，因为其肺部储备功能较差，更容易受到感染的影响而出现通气和换气功能障碍。
全身症状：
发热：多数患者会出现发热，体温可呈不同程度的升高，可为低热（体温在37.3~38℃），也可为高热（体温超过38.5℃）。发热的原因是机体对真菌感染的免疫反应。免疫功能低下的人群，如长期使用广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂的患者，以及患有艾滋病等免疫缺陷性疾病的患者，在发生真菌性肺炎时，发热可能更为常见且热型不典型。
乏力：患者常感到全身疲倦、无力，活动耐力下降。这与感染引起的机体代谢紊乱、毒素吸收等因素有关。老年患者本身身体机能衰退，若合并真菌性肺炎，乏力症状可能会更加突出，影响其生活质量，导致日常生活自理能力下降。
消瘦：病情持续较久时，患者可能出现体重减轻、消瘦的情况。这是因为感染消耗了机体大量能量，而患者可能因食欲减退等原因摄入不足，导致机体处于负氮平衡状态。对于儿童患者，长期的真菌性肺炎可能会影响其生长发育，导致体重增长缓慢或不增。
