抗磷脂综合征病因未完全明确，与遗传因素（部分基因变异或多态性增加患病风险，家族倾向人群发病风险高）、感染因素（多种感染如病毒感染可致免疫反应异常增加患病可能）、自身免疫异常（免疫系统紊乱产生自身抗体引发病理改变）及其他因素（年龄、性别、生活方式、自身免疫性疾病既往史等影响发病）相关。
感染因素：多种感染可能与抗磷脂综合征的发病有关。例如，某些病毒感染，如风疹病毒、丙型肝炎病毒等感染后，可能引发机体的免疫反应异常。病毒感染可以改变细胞的抗原性，导致免疫系统错误地攻击自身组织，包括产生抗磷脂抗体等。在感染发生后，机体的免疫平衡被打破，从而增加了患抗磷脂综合征的可能性。对于有感染病史尤其是病毒感染病史的人群，需要密切监测自身免疫相关指标，以便早期发现可能出现的抗磷脂综合征。
自身免疫异常：自身免疫功能紊乱是抗磷脂综合征发病的关键环节。正常情况下，机体的免疫系统能够识别自身和非自身物质，维持免疫平衡。但在抗磷脂综合征患者中，免疫系统出现异常，产生了针对磷脂相关抗原的自身抗体，如抗心磷脂抗体、狼疮抗凝物等。这些自身抗体与体内的磷脂结合，形成免疫复合物，沉积在血管内皮细胞等部位，激活炎症反应，导致血管内皮损伤、血小板聚集等一系列病理改变，进而引发血栓形成、流产等临床症状。自身免疫异常在不同年龄、性别人群中均可发生，且可能受到生活方式等因素的影响，比如长期精神压力过大等可能会进一步加剧自身免疫的紊乱，从而影响抗磷脂综合征的发病。
其他因素：年龄方面，不同年龄段的人群发病风险可能存在差异，一般中青年相对有一定发病概率，但具体机制尚不十分明确；性别上，女性发病率明显高于男性，可能与女性的内分泌等生理特点有关，例如雌激素水平等可能影响免疫系统的状态，从而使得女性更易发生自身免疫相关的抗磷脂综合征；生活方式中，长期吸烟、酗酒等不良生活方式可能会对免疫系统产生不良影响，增加自身免疫紊乱的风险，进而与抗磷脂综合征的发病相关；病史方面，有自身免疫性疾病既往史的人群，如系统性红斑狼疮等，发生抗磷脂综合征的风险会显著升高，因为这些基础疾病本身就存在免疫异常的基础，更容易引发抗磷脂相关抗体的产生和相关病理过程。
