包皮过长的发病原因包括遗传因素（家族遗传史致个体概率高）、先天发育异常（胚胎发育中包皮与阴茎头分离不完全等）、疾病因素影响（泌尿系统先天疾病或儿童时期感染性疾病影响）、年龄因素影响（儿童时期生理性包皮过长，青春发育期后仍过长属异常）、生活方式因素（不注意清洁易加重或引发并发症）以及特殊人群情况（婴幼儿多为生理性，青春期后需关注对生活质量影响及就医评估）。
先天发育异常
在胚胎发育过程中，阴茎包皮的正常发育出现异常也会导致包皮过长。例如，胚胎时期包皮与阴茎头的分离过程不完全，使得包皮不能正常退缩，从而表现为包皮过长的状态。这种先天发育异常与胚胎发育时期的多种因素相关，如母体在孕期的一些不良因素可能会影响胚胎的正常发育进程。
疾病因素影响
某些泌尿系统的先天性疾病可能间接导致包皮过长相关情况。比如，患有尿道下裂等疾病时，可能会影响阴茎的正常发育形态，进而造成包皮的相对过长。此外，一些感染性疾病如果在儿童时期未得到良好控制，可能会影响阴茎局部的正常生长发育，增加包皮过长的发生风险。
年龄因素影响
在儿童时期，由于阴茎还处于生长发育阶段，包皮往往会相对较长，这是一种生理性的状态，随着年龄增长，阴茎逐渐发育，包皮会逐渐退缩至正常位置。但如果到了青春发育期后包皮仍然过长，则属于异常情况。对于不同年龄段的个体，包皮过长的发病原因在年龄相关的发育进程中体现出不同特点，儿童时期的生理性包皮过长与青春发育期后的病理性包皮过长有不同的形成机制及表现。
生活方式因素
长期不注意阴茎局部的清洁卫生，可能会增加包皮过长相关问题的发生风险。因为包皮过长时，包皮内易积聚包皮垢等物质，如果不及时清洁，容易引发炎症等问题，而长期的炎症刺激可能会影响包皮的正常功能和发育状态，从某种程度上可能会加重包皮过长的表现或者导致包皮过长相关并发症的出现。不过生活方式因素更多是在已存在包皮过长基础上的影响因素，而非直接导致包皮过长发病的根本原因，但也是需要关注的相关方面。
特殊人群情况
对于婴幼儿时期的特殊人群，由于其生殖系统还未完全发育成熟，包皮过长多为生理性，一般不需要过早进行干预，但家长需要注意保持局部清洁，避免感染等情况。而对于青春期后的男性，如果存在包皮过长情况，需要关注其对生活质量的影响，如是否影响性生活、是否容易引发局部感染等问题，若有相关不适或异常表现则需要及时就医评估是否需要进行相应处理。
