肺真菌病感染途径有外源性真菌经呼吸吸入（机体免疫下降时可定植繁殖）、内源性寄殖菌在免疫功能受损等情况时侵入肺部、身体其他部位真菌感染血行播散至肺，特殊人群中老年人器官功能衰退免疫低且常合并基础病、儿童免疫未全发育或有缺陷、免疫抑制患者用免疫抑制剂、长期用广谱抗生素或糖皮质激素者、有恶性肿瘤或艾滋病等基础病者易发病。
一、外源性真菌吸入感染
人体通过呼吸吸入环境中存在的真菌孢子是肺真菌病的重要感染途径之一。例如，土壤、空气尘埃中广泛存在烟曲霉、黄曲霉等真菌孢子，当机体免疫力正常时，吸入的少量真菌孢子可被呼吸道的防御机制清除，如呼吸道黏膜的纤毛运动、肺泡巨噬细胞的吞噬作用等。但当人体免疫力下降时，如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂（如器官移植后），吸入的真菌孢子就可能在肺部定植并繁殖，引发肺真菌病。
二、内源性寄殖菌感染
人体自身口腔、上呼吸道等部位原本就存在一些条件致病性真菌，如白假丝酵母菌等。在正常情况下，这些寄殖菌与人体处于共生状态，不致病。然而，当机体免疫功能受损时，例如长期使用广谱抗生素导致口腔及呼吸道菌群失调、患有糖尿病（高血糖环境利于真菌生长）、慢性阻塞性肺疾病（呼吸道局部防御功能降低）等，内源性寄殖的真菌就会趁机侵入肺部组织，突破机体的防御屏障，引发肺真菌病。
三、血行播散感染
身体其他部位的真菌感染可通过血液循环播散至肺部引发肺真菌病。比如，当皮肤、骨骼等部位发生真菌感染后，真菌可进入血液循环，随着血流到达肺部，在肺部定植并引起感染。常见于患有严重全身性感染、败血症的患者，此时真菌随血流广泛分布，肺部是常见的受累部位之一。
四、特殊人群发病风险因素
老年人：老年人各器官功能衰退，免疫功能降低，且常合并多种基础疾病（如慢性支气管炎、冠心病等），更容易受到真菌的侵袭而罹患肺真菌病。
儿童：儿童尤其是免疫功能尚未完全发育成熟的婴幼儿，若存在早产、先天性免疫缺陷等情况，自身免疫防御能力较弱，接触环境中的真菌后更易发生肺真菌病。
免疫抑制患者：如接受器官移植后长期使用免疫抑制剂的患者，其机体的免疫监视和防御功能被抑制，对真菌的清除能力下降，显著增加了肺真菌病的发病风险。
长期使用特定药物人群：长期大量使用广谱抗生素会破坏人体正常菌群平衡，使真菌过度生长；长期使用糖皮质激素会抑制机体的免疫反应，这两类人群肺真菌病的发病概率明显升高。
有基础疾病人群：患有恶性肿瘤、艾滋病等基础疾病的患者，自身抵抗力差，机体对真菌的抵御能力减弱，易发生肺真菌病。
