抗心磷脂综合症病因未完全明确，主要与遗传、感染、自身免疫因素相关，遗传使部分患者有易感性，病毒、细菌感染可触发免疫应答异常，自身免疫失调致产生抗心磷脂抗体引发病理过程，不同人群自身免疫状态及女性生理等因素、不良生活方式均有影响。
部分抗心磷脂综合症患者存在遗传易感性，研究发现某些基因的突变或多态性可能增加患病风险。例如，一些与免疫调节相关的基因发生变异时，机体的免疫平衡可能被打破，使得自身免疫反应更容易针对心磷脂等自身抗原发生，从而引发抗心磷脂综合症。在有家族遗传倾向的人群中，相比无家族史者，患病的概率相对较高。
感染因素
病毒感染：多种病毒感染可能与抗心磷脂综合症的发生有关。比如，风疹病毒、巨细胞病毒、人类免疫缺陷病毒（HIV）等感染后，可能会触发机体的免疫应答异常。病毒感染可导致机体的免疫细胞功能紊乱，使得B淋巴细胞过度活化，产生大量针对心磷脂的自身抗体。例如，风疹病毒感染后，机体的免疫机制被激活，引发一系列免疫反应，其中就包括抗心磷脂抗体的产生，进而增加患抗心磷脂综合症的风险。
细菌感染：某些细菌感染也可能参与抗心磷脂综合症的发病。像肺炎衣原体感染，研究发现肺炎衣原体感染后，可诱导机体产生免疫反应，导致自身抗体的产生，包括抗心磷脂抗体。细菌感染引发的炎症反应会影响机体的免疫调节网络，使得免疫系统错误地攻击自身组织中的心磷脂成分。
自身免疫因素
机体自身免疫功能失调是抗心磷脂综合症发病的关键。正常情况下，机体的免疫系统能够识别自身成分并保持免疫耐受，但在某些因素作用下，这种免疫耐受被打破。自身免疫细胞错误地将心磷脂视为外来抗原，从而启动免疫应答，产生大量抗心磷脂抗体。这些抗体与心磷脂结合形成免疫复合物，沉积在血管内皮细胞等部位，激活补体系统，导致血管内皮损伤、血小板聚集等一系列病理生理过程，进而引发抗心磷脂综合症相关的临床表现，如血栓形成、习惯性流产等。不同年龄段的人群，自身免疫功能的状态有所不同，一般来说，中青年人群相对而言自身免疫调节相对稳定，但如果受到上述感染等因素影响，仍可能打破免疫耐受引发疾病；老年人自身免疫功能逐渐衰退，也可能因免疫平衡失调而患病。女性由于生理周期、妊娠等因素影响，体内激素水平变化较大，可能会影响免疫状态，相对男性而言，患抗心磷脂综合症的风险可能略有不同，但具体机制仍与自身免疫失调相关。有自身免疫性疾病病史的人群，如系统性红斑狼疮等，本身就存在免疫功能紊乱的基础，更容易并发抗心磷脂综合症。在生活方式方面，长期吸烟、酗酒、压力过大等不良生活方式可能会进一步影响免疫功能，增加患病风险。
