乙脑疫苗有一般局部反应，如接种部位红肿疼痛等，婴幼儿局部反应可能更明显，有基础病史者局部反应可能加重；有常见全身反应，包括轻度发热、乏力头痛头晕等，儿童全身反应耐受与成人不同，有基础疾病者全身反应可能影响原有病情；还有罕见不良反应，如过敏反应（表现为皮疹瘙痒呼吸困难等）、神经系统反应（如惊厥等，多见于有相关基础疾病或发热明显的儿童）。
常见情况：接种乙脑疫苗后，部分受种者会出现局部反应，如接种部位红肿、疼痛等。一般红肿范围较小，直径多在2-5厘米左右，疼痛程度较轻，多为轻度隐痛，通常在接种后1-2天内出现，1-3天内可自行缓解。这是因为疫苗作为外来物质刺激局部组织引起的炎症反应，多数人身体可自行调节恢复。
特殊人群情况：婴幼儿由于皮肤较为娇嫩，局部反应可能相对更明显一些，但一般也多在可耐受范围内。对于有局部皮肤感染等基础病史的人群，接种后局部反应可能会加重，恢复时间也可能延长，需密切观察局部情况，若红肿范围迅速扩大、疼痛加剧并伴有发热等其他症状，应及时就医。
全身反应
常见全身反应
发热：是乙脑疫苗较为常见的全身反应之一。多数为轻度发热，体温一般在37.5-38.5℃之间，多在接种后24小时内出现，持续1-2天可自行消退。这是机体对疫苗的免疫应答引起的发热反应。例如，相关研究显示，约有10%-15%的受种者会出现这种轻度发热情况。
不适：部分受种者可能出现乏力、头痛、头晕等不适症状。乏力表现为体力下降，活动耐力降低；头痛多为轻度胀痛，部位不固定；头晕感较轻，一般不影响正常活动，这些症状通常也会在1-2天内逐渐缓解。
特殊人群全身反应情况：儿童由于自身免疫系统发育尚不完善，对于全身反应的耐受能力与成人有所不同。幼儿出现发热等全身反应的概率可能相对较高，且体温可能波动相对稍大，但一般也多在合理范围内。对于有慢性疾病病史的人群，如患有先天性心脏病等基础疾病的受种者，接种后全身反应可能会对原有病情产生一定影响，需更加密切监测体温及全身状况，若发热持续时间超过3天或体温超过38.5℃且伴有其他严重不适症状，应及时就医评估。
罕见不良反应
过敏反应：虽然较为罕见，但也有发生。表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难等。皮疹可表现为斑丘疹、荨麻疹等不同形态，瘙痒程度可轻可重，严重的呼吸困难可能会危及生命。一旦出现过敏反应，需立即就医进行抗过敏等救治措施。例如，曾有个别报道显示，极个别受种者在接种乙脑疫苗后出现严重过敏反应，经及时抢救后脱离危险。
神经系统反应：非常罕见的情况是可能出现神经系统相关反应，如惊厥等。惊厥多发生在有神经系统基础疾病或发热较为明显的儿童群体中。对于有神经系统病史的儿童，接种乙脑疫苗后需密切观察神经系统症状，一旦出现惊厥等异常情况，应立即送往医院进行处理。
