儿童感染基孔肯雅热的症状与成人存在显著差异，通常更为严重且复杂。儿童免疫系统尚未发育成熟，病毒复制速度更快，导致症状更剧烈。
典型表现为突发高热，体温常超过39℃，持续3-7天，婴幼儿可能出现热性惊厥；关节疼痛多累及手腕、膝盖等大关节，疼痛程度较成人更甚，部分患儿因剧烈疼痛无法活动关节，需蜷缩身体缓解。
儿童皮疹发生率更高，约75%的患儿会出现面部和躯干部位的斑丘疹，伴有明显瘙痒。此外，儿童更易出现神经系统并发症，如脑膜炎、脑炎，表现为嗜睡、抽搐、前囟膨隆等症状，需立即住院治疗。
成人症状则以关节疼痛为主，多累及手指、腕关节等小关节，发热持续时间较短，神经系统并发症较少见。儿童康复期需加强营养支持，定期随访监测生长发育。
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