基孔肯雅热和疟疾区别是病原体不同、症状表现不同、流行区域不同、诊断方法不同等。
1.病原体不同
基孔肯雅热由基孔肯雅病毒引起，属于RNA病毒；疟疾则是由疟原虫所致，疟原虫是一种单细胞寄生虫。
2.症状表现不同
基孔肯雅热以突发高热、剧烈关节疼痛为主要特征，关节痛常影响四肢大关节，还可能伴有头痛、皮疹等；疟疾典型症状是周期性发作的寒战、高热和大量出汗，发作周期与感染的疟原虫种类有关，还可能出现肝脾肿大、贫血等症状。
3.流行区域不同
基孔肯雅热主要流行于非洲、亚洲和欧洲的热带、亚热带地区；疟疾多分布在热带和亚热带地区，尤其是非洲、东南亚和中南美洲的一些国家，不同疟原虫种类在不同地区流行情况有差异。
4.诊断方法不同
基孔肯雅热通过血清学检测、病毒分离等方法诊断；疟疾主要依靠血涂片镜检查找疟原虫来确诊。
