阴茎扭转的原因包括胚胎发育异常致阴茎海绵体发育不均衡、先天解剖结构因素致白膜发育不对称、外伤及手术相关因素破坏阴茎解剖平衡，不同性别、年龄人群均可受影响，外伤和手术相关因素所致多有明确诱因。
先天解剖结构因素
从先天解剖结构角度来看，阴茎的白膜发育不对称是引起阴茎扭转的常见原因。白膜是包裹阴茎海绵体的一层坚韧组织，若白膜在阴茎的不同侧发育厚度、弹性等方面存在差异，就会导致阴茎两侧的张力不平衡。比如，一侧白膜相对较厚、张力较大，另一侧相对较薄、张力较小，那么在阴茎勃起或自然状态下，就容易出现阴茎向张力大的一侧扭转的情况。这种先天的解剖结构差异在男性胎儿发育过程中就可能形成，不同年龄、性别的个体都可能存在这样的先天解剖结构基础问题，只是在出生后才可能被发现阴茎扭转的表现。
外伤因素
后天的外伤也可能导致阴茎扭转。例如，会阴部受到外力撞击等情况，可能会使原本解剖结构相对正常的阴茎发生扭转。这种外伤引起的阴茎扭转多发生在有明确外伤史的人群中，比如男性在运动过程中会阴部意外撞击到硬物，或者在性生活中姿势不当造成外力损伤等情况。不同年龄段的男性都有可能因为外伤而出现阴茎扭转，对于有外伤史且出现阴茎异常扭转表现的人群需要特别关注，外伤导致的阴茎扭转可能会影响阴茎的正常功能和外观等。
手术相关因素
如果曾经接受过阴茎相关的手术，也可能引发阴茎扭转。比如在进行包皮环切术等阴茎局部手术时，手术操作过程中如果对阴茎的白膜等结构处理不当，可能会破坏阴茎原本的解剖平衡，从而导致阴茎扭转。不同年龄接受过阴茎相关手术的患者都存在发生这种情况的可能性，尤其是手术操作不够精细或者术后恢复过程中出现异常情况时，更容易出现阴茎扭转的并发症，需要医生在手术过程中精细操作以降低这种风险。
