手腕腱鞘囊肿的引起与劳损、外伤、结缔组织退变及疾病等因素相关，长期过度用腕等致劳损易引发，外伤后修复可能形成，年龄增长致结缔组织退变可致，某些全身性疾病如类风湿关节炎也会增加其风险。
劳损因素：长期、反复的手腕部过度活动是常见诱因。例如，从事需要频繁使用手腕的工作，如打字员、钢琴演奏者、装配工人等，手腕部的肌腱和腱鞘不断摩擦，导致腱鞘组织发生炎性反应，逐渐形成囊肿。长时间保持手腕处于某种固定姿势，也会增加腱鞘囊肿的发生风险，因为这会使腱鞘和肌腱之间的摩擦加剧，影响局部的滑液代谢平衡，进而促使囊肿形成。
外伤因素：手腕部曾经受到过外伤，如扭伤、挫伤等，可能会损伤腱鞘和肌腱，引起局部出血、水肿等病理改变。在修复过程中，可能会出现滑液异常积聚，从而形成腱鞘囊肿。不过，这种外伤导致的腱鞘囊肿并非在受伤当时立即出现，而是可能在受伤后的一段时间逐渐显现。
结缔组织退变因素：随着年龄的增长，人体的结缔组织会发生退变，手腕部的腱鞘等结缔组织也不例外。退变会使腱鞘的弹性和韧性降低，滑液的分泌和吸收平衡被打破，滑液容易积聚形成囊肿。对于中老年人来说，这种结缔组织退变引起的腱鞘囊肿相对较为常见。不同性别在这方面没有明显的特异性差异，但随着年龄增长，男女发生的几率都会有所增加。在生活方式方面，长期缺乏运动导致身体机能下降，或者有慢性疾病导致结缔组织代谢异常的人群，更容易出现结缔组织退变相关的腱鞘囊肿。
疾病因素：某些全身性疾病也可能与手腕腱鞘囊肿的形成有关，如类风湿关节炎等自身免疫性疾病。类风湿关节炎会累及手腕部的关节及周围组织，引起滑膜炎症，影响滑液的正常代谢，进而增加腱鞘囊肿的发生风险。患有此类基础疾病的人群，需要更加关注手腕部的健康状况，因为基础疾病可能会促进腱鞘囊肿的形成。
