肠道真菌失调与自身免疫性疾病密切相关可激活免疫细胞引发异常应答，炎症性肠病患者肠道真菌组成改变特定条件致病性真菌丰度升高促进炎症，部分肠道真菌参与肿瘤发生发展影响免疫监视和肿瘤微环境，肠道真菌与代谢性疾病如2型糖尿病有关其多样性和组成变化影响代谢通路。
一、肠道真菌失调与自身免疫性疾病的关联
大量研究表明肠道真菌群落组成的改变与自身免疫性疾病密切相关。例如在类风湿关节炎患者中，其肠道真菌的多样性降低，特定真菌如白色念珠菌等的丰度发生变化。研究发现肠道真菌可通过激活Th17等免疫细胞，引发异常免疫应答，进而参与自身免疫性疾病的发病过程，相关研究证据来自多中心的队列研究及动物模型实验，证实肠道真菌的失衡会打破免疫稳态，促使自身免疫反应的发生。
二、肠道真菌与炎症性肠病的关系
炎症性肠病（如克罗恩病和溃疡性结肠炎）患者的肠道真菌组成存在明显改变。与健康人群相比，炎症性肠病患者肠道中某些条件致病性真菌的丰度升高，如念珠菌属等。这些真菌可通过破坏肠道屏障功能、激活肠道固有免疫细胞等方式，促进肠道炎症反应的持续发展，相关研究通过宏基因组测序等技术对肠道真菌群落进行分析，明确了肠道真菌在炎症性肠病发病机制中的作用。
三、肠道真菌与肿瘤的关联
部分研究提示肠道真菌可能参与肿瘤的发生发展过程。例如某些肠道真菌可通过影响机体的免疫监视功能，改变肿瘤微环境。有研究发现，在结直肠癌患者中肠道真菌群落结构与健康人不同，特定真菌可能通过调节免疫细胞的活性等途径，促进肿瘤细胞的增殖和转移，相关证据来自肿瘤患者的肠道真菌组学研究以及动物肿瘤模型的真菌干预实验。
四、肠道真菌与代谢性疾病的联系
肠道真菌与代谢性疾病如2型糖尿病存在关联。2型糖尿病患者肠道真菌的多样性降低，且真菌群落组成发生变化。肠道真菌可通过影响肠道屏障功能，进而干扰机体的代谢通路，如影响葡萄糖代谢、脂质代谢等，相关研究通过对糖尿病患者和健康人群肠道真菌的对比分析，以及真菌移植实验来证实其在代谢性疾病中的作用机制。
