阴茎扭转的原因包括胚胎发育异常、尿道海绵体发育不对称、纤维束带影响及其他可能因素。胚胎发育异常中生殖结节周围组织发育不均衡等可致阴茎扭转，受遗传和孕期致畸物质等综合作用；尿道海绵体发育不对称会打破阴茎结构平衡引发扭转；阴茎白膜等组织的异常纤维束带会限制阴茎伸展致扭转；后天因素如儿童时期阴茎外伤也可能诱发但比例较低，不同人群需关注相应原因，健康生活方式有助于生殖系统健康，有相关病史人群需密切关注阴茎发育。
尿道海绵体发育不对称
尿道海绵体对阴茎的正常形态起着重要支撑作用。正常情况下，尿道海绵体应均匀发育。但如果一侧尿道海绵体发育相对较细或较短，而另一侧相对较粗或较长，就会打破阴茎结构的平衡，进而引起阴茎扭转。这种不对称的发育可能在胚胎形成尿道海绵体的阶段就已经存在，后续随着阴茎的生长发育，扭转的情况逐渐显现出来。
纤维束带的影响
阴茎白膜等组织中如果存在异常的纤维束带，也可能导致阴茎扭转。这些纤维束带可能限制阴茎某一侧的正常伸展，使得阴茎向对侧扭转。例如，局部的纤维组织增生、粘连等情况，会破坏阴茎结构的对称性，从而引发扭转现象。纤维束带的形成可能与局部的创伤、炎症等因素有关，不过在胚胎发育相关因素的基础上，纤维束带也可能是一个促进阴茎扭转发生的因素。
其他可能因素
一些后天因素也可能在特定情况下诱发阴茎扭转，但相对胚胎发育等因素来说较为少见。比如，儿童时期阴茎部位受到外伤，如果外伤影响到阴茎的正常解剖结构，可能导致阴茎扭转。不过这种情况通常是有明确外伤史的，而且相对胚胎发育异常等原因导致的阴茎扭转比例较低。对于不同年龄、性别的人群，胚胎发育异常是更主要的原因，而在有阴茎外伤史的人群中，外伤相关因素需要重点考虑。在生活方式方面，一般没有直接证据表明特定的生活方式会直接导致阴茎扭转，但保持健康的生活方式有助于整体生殖系统的正常发育和健康。对于有相关病史的人群，如曾有影响生殖系统发育相关疾病的患者，需要更加密切关注阴茎发育情况，以便早期发现阴茎扭转等异常情况。
