胃肠菌群失调可引发消化功能相关症状如腹胀、腹泻或便秘，还会带来全身相关症状如营养不良、免疫力下降。
消化功能相关症状：
腹胀：肠道菌群失调会影响食物的正常消化与发酵过程，产生过多气体，导致胃肠道内气体积聚，引起腹胀。例如，有研究表明，肠道有益菌减少时，碳水化合物等食物的发酵异常，产生气体增多，进而引发腹胀，不同年龄人群均可出现，儿童可能因饮食结构或肠道发育尚未完善更易受影响，而老年人则可能因胃肠蠕动功能本身较弱，菌群失调后腹胀表现更明显。
腹泻或便秘：
腹泻：当有害菌增多或有益菌减少时，肠道的正常屏障功能和消化吸收功能受到干扰，肠道水分吸收障碍，同时肠道蠕动可能加快，导致腹泻。比如一些长期使用抗生素的人群，抗生素在杀灭致病菌的同时也破坏了肠道正常菌群，易出现腹泻症状，不同性别在菌群失调引发腹泻上无明显性别差异，但不同年龄人群中，儿童腹泻可能更易导致脱水等严重后果，需特别关注；老年人则可能因基础疾病等因素，腹泻后恢复相对缓慢。
便秘：菌群失调可能使肠道内有益菌产生的短链脂肪酸等减少，短链脂肪酸有促进肠道蠕动的作用，其减少会导致肠道蠕动减慢，从而引发便秘。老年人由于本身胃肠蠕动功能减退，若再出现菌群失调，便秘情况可能更为突出，而年轻人群出现便秘可能与不良生活方式等导致的菌群失调相关。
全身相关症状：
营养不良：肠道菌群失调影响食物的消化吸收，使得人体对营养物质的摄取减少。例如，无法正常分解吸收蛋白质、碳水化合物、维生素等营养成分，长期如此会导致营养不良，表现为体重下降、消瘦、皮肤干燥等。儿童处于生长发育阶段，若出现胃肠菌群失调导致营养不良，会严重影响其身高、智力等方面的发育；老年人本身营养储备相对较少，菌群失调引发的营养不良可能加重身体机能衰退。
免疫力下降：肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会影响肠道黏膜相关淋巴组织的功能，进而导致全身免疫力下降。容易频繁发生感冒、呼吸道感染等疾病。不同性别在免疫力下降的表现上无本质差异，但年龄较小的儿童免疫系统尚未完全发育成熟，菌群失调后免疫力下降更易引发各种感染性疾病；老年人免疫力本身随年龄增长而降低，菌群失调会进一步加重免疫功能的削弱。
