轮状病毒腹泻反反复复与多种因素有关，包括病毒具有变异性致人体难获持久免疫防护、肠道功能恢复不完全、免疫力因素、不当饮食以及不良环境因素等。病毒易变异使人体感染不同亚型易再发病；肠道黏膜损伤修复需时，短时间难完全恢复，受外界刺激易反复；儿童等免疫力低下人群易再感染发病；不当饮食会加重肠道负担致反复；不良环境如卫生差、腹部着凉等也会引发反复。
轮状病毒具有一定的变异性，不同亚型的轮状病毒不断出现，人体感染某一亚型轮状病毒后产生的抗体对其他亚型的轮状病毒没有保护作用，当再次感染其他亚型轮状病毒时就可能再次引发腹泻。例如，相关研究发现轮状病毒的基因易发生突变和重组，导致新的病毒株不断出现，使得人体难以获得持久的免疫防护，从而容易反复感染发病。
肠道功能恢复不完全方面
即使轮状病毒感染得到控制，肠道黏膜的损伤修复需要一定时间。在腹泻过程中，肠道黏膜受到破坏，其吸收、分泌等功能处于紊乱状态，短时间内难以完全恢复正常。对于儿童来说，肠道屏障功能相对较弱，肠道功能恢复更慢，这就可能导致在肠道功能尚未完全复原时，再次受到外界因素刺激（如饮食不当等）就容易再次出现腹泻症状。比如，儿童感染轮状病毒腹泻后，可能需要数周甚至更长时间肠道黏膜才能完全修复，在此期间若饮食结构不合理，进食过多油腻、刺激性食物等，就容易诱发腹泻反复。
免疫力因素方面
不同年龄段人群免疫力不同，儿童尤其是婴幼儿免疫力相对低下。儿童的免疫系统尚未发育完善，对轮状病毒的清除能力和免疫记忆形成相对较弱，再次接触轮状病毒时容易再次发病。而对于免疫力低下的人群，如患有某些基础疾病（如先天性免疫缺陷病等）的患者，自身抵御轮状病毒的能力较差，也更容易出现轮状病毒腹泻反反复复的情况。例如，先天性免疫缺陷患儿由于体内免疫细胞或免疫分子功能异常，无法有效对抗轮状病毒的再次侵袭，导致腹泻反复发生。
饮食因素方面
不当的饮食是导致轮状病毒腹泻反复的常见原因之一。如果在腹泻康复后没有合理调整饮食，继续进食难以消化的食物或者摄入被污染的食物等，都可能影响肠道功能，引发腹泻反复。对于儿童来说，若家长在孩子轮状病毒腹泻刚好转时就给孩子大量进食高蛋白、高脂肪食物，会加重肠道负担，影响肠道恢复，从而导致腹泻再次出现。比如，一些儿童康复后食用过多油炸食品，就可能刺激肠道，引起肠道功能紊乱，出现腹泻反复的情况。
环境因素方面
不良的环境因素也可能导致轮状病毒腹泻反复。例如，环境卫生状况差，存在轮状病毒传播的潜在风险，容易使人体再次接触到轮状病毒而发病。在寒冷季节，儿童若穿着过少导致腹部着凉，也会影响肠道功能，增加轮状病毒腹泻反复的几率。比如，在冬季气温较低时，儿童户外活动时没有做好腹部保暖，肠道受到寒冷刺激后，蠕动加快，容易引发腹泻反复。
