长期腹泻可由肠道疾病因素中的炎症性肠病（反复发作腹泻伴腹痛等、各年龄段发病青少年及青壮年多见）、感染性腹泻慢性化（部分细菌病毒寄生虫感染后易转慢性、免疫低下者易患儿童更易）、肠易激综合征（属功能性肠病与多种因素有关、多见于中青年女性腹泻型表现）导致，全身性疾病因素中内分泌及代谢性疾病（如甲亢致胃肠蠕动加快腹泻、糖尿病性肠病与自主神经病变有关）、肝胆胰疾病（如慢性胰腺炎致消化不良性脂肪泻）可引起，药物因素中某些药物（抗生素、化疗药物等）可引发，还与食物不耐受（如乳糖不耐受）、心理因素（长期不良情绪通过神经内分泌系统影响胃肠致腹泻）相关。
一、肠道疾病因素
1.炎症性肠病：包含克罗恩病与溃疡性结肠炎，常呈现反复发作的腹泻状况，还多伴有腹痛、黏液脓血便等表现，其发病可能和免疫异常等因素相关，各年龄段均可发病，青少年及青壮年较为多见，病情迁延不愈会对生活质量产生影响。
2.感染性腹泻慢性化：部分细菌（像沙门菌、志贺菌等）、病毒（例如轮状病毒、诺如病毒等）或寄生虫（如贾第虫、阿米巴原虫等）感染后，有可能转为慢性腹泻，免疫功能低下者更容易出现这种情况，儿童因免疫系统发育不完善，相对更易发生感染后慢性腹泻。
3.肠易激综合征：属于功能性肠病，发病与胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道菌群失调及精神心理因素等有关，多见于中青年，女性相对多见，腹泻型肠易激综合征主要表现为反复发作的腹泻，可伴有腹痛、腹胀等，精神压力大时症状易加重。
二、全身性疾病因素
1.内分泌及代谢性疾病：例如甲状腺功能亢进症，因甲状腺激素分泌过多，致使胃肠蠕动加快，出现腹泻，多见于成年女性，可伴有多汗、心慌、消瘦等表现；糖尿病性肠病，和自主神经病变有关，任何年龄段的糖尿病患者均可发生，病程较长的糖尿病患者更易出现，表现为腹泻与便秘交替等。
2.肝胆胰疾病：比如慢性胰腺炎，胰腺外分泌功能减退，影响消化酶的分泌，造成消化不良性腹泻，多见于长期大量饮酒或有胆道疾病史者，发病年龄无特定，男性相对多见，腹泻多为脂肪泻，大便量多、恶臭。
三、药物因素
某些药物可引发长期腹泻，像抗生素（长期使用广谱抗生素会导致肠道菌群失调，引起腹泻）、化疗药物（在抗肿瘤治疗过程中可能出现腹泻不良反应）等，不同药物引发腹泻的机制各异，使用相关药物的患者需密切关注肠道反应，尤其老年人、儿童等特殊人群在使用药物时更应谨慎监测。
四、其他因素
1.食物不耐受：例如乳糖不耐受，由于体内缺乏乳糖酶，无法正常消化乳糖，进食含乳糖的食物后出现腹泻，各年龄段均可发病，亚洲人群中发生率相对较高，儿童可能因先天性乳糖酶缺乏发病，成人多因后天肠道疾病等导致乳糖酶活性降低而发病。
2.心理因素：长期精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪可通过神经内分泌系统影响胃肠功能，导致腹泻，任何年龄段均可受心理因素影响，尤其长期处于高压环境的人群更易出现因心理因素导致的长期腹泻
